方法来源：https://forum.hdfgroup.org/t/hdf5-deleting-datasets-and-recovering-space/1293

h5 数据库，在删除一些数据，表，数组后，无法变小；
或是在多次读写后，会越来越大，并且有一些空间会永久无法重用，导致浪费。

此时可以使用 h5repack 工具，快速重建 h5 数据库，可以立刻把未使用空间省出来。
也可以同时使用无损压缩，进一步减少 h5数据库的空间占用。

重建 h5 数据库的命令

h5repack old.hdf5 new.hdf5

重建 h5 数据库时，同时使用 gzip 进行压缩

h5repack -f GZIP=1 .\tmp_db.hdf5 new.hdf5

h5repack 命令的来源
在hdf5 的官方下载页面 https://portal.hdfgroup.org/downloads/index.html 点击这个

在这里找到预构建的安装程序

我的是windows系统，所以选中 windows 系统

然后选择这个
直接安装之后，重启系统，即可有 h5repack 命令