回顾R包的安装

1.R包的下载

在R3.5以及之后的版本，安装Bioconductor包都需要用BiocManager。

首先安装BiocManager，命令如下：

install.packages("BiocManager")

然后安装所需要的R包，例如：

BiocManager::install("ggplot2")

2.遇到的问题：

1.下载下来的R包无法library()

解决办法：

安装R的时候一定要注意文件名字（例如：包含中文、—、空格等等），如果包含的话，会导致无法读取。
注意安装rtool，看教程：Rtools下载与安装(win10) - 知乎
注意看提示的错误，有时候版本会存在不对应的情况。通过下载新版本会改变这种情况，例如：

> BiocManager::install(version = "3.15")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details

replacement repositories:
    CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/

Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.17), R 4.2.0 (2022-04-22 ucrt)
> BiocManager::install("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details

replacement repositories:
    CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/

Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.17), R 4.2.0 (2022-04-22 ucrt)
Warning message:
package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install:
  'TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene'

2.用R语言运行代码出现如下

> setwd("F:/Data/chip_seq/aligned")
Error in setwd("F:/Data/chip_seq/aligned") : 
  cannot change working directory

原因：不存在的工作文件

解决：可以通过getwd()函数去获得具体路径的文件夹，再用setwd()函数设置文件夹。r

> getwd()
[1] "C:/Users/hj990/Documents"
> setwd(""C:/Users/hj990/Documents")
Error: unexpected symbol in "setwd(""C"
> setwd("C:/Users/hj990/Documents")

3.如下：找不到文件

> SRR620204.bam<-readPeakFile("SRR620204.bam_peaks.narrowPeak")
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'SRR620204.bam_peaks.narrowPeak': No such file or directory

原因：没有把文件放在指定的路径下的文件夹

解决：把需要运行的文件放在同一路径下的文件夹

4.不存在'xx'程辑包，如下：

> upsetplot(peakAnno)
Error in loadNamespace(x) : 不存在叫‘ggupset’这个名字的程辑包

解决：通过install.packages(" x")函数直接下载，BiocManager::install("x")也可以下载

遇到最多的问题也是这个，注意文件夹的命名，包的版本。

5.按提示安装，如下：

> BiocManager::install("Rsamtools")
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details

replacement repositories:
    CRAN: https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/

Bioconductor version 3.15 (BiocManager 1.30.17), R 4.2.0 (2022-04-22 ucrt)
Warning message:
package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Rsamtools' 
> BiocManager::install("Rsamtools",force = TRUE)

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