#RTOOLS44安装配置最新方法#

安装Rtools44到非默认目录时，按照网上说的方法配置.Renviron会出现不论如何最终都无法被R识别的问题。试了各种方法，网上说的都是设置%RTOOLS40_PATH%系统环境变量，但实际上R-4.4.2并不读取系统变量（也可能改名字了，我没有细读）。

首先，R-4.4.2以及Rstudio并不从系统环境变量里读取Rtools路径，不论你设置RTOOLS40_HOME还是改成RTOOLS44_HOME，实际上它不能从系统变量里读取这个，而是根据R目录里etc/Rcmd_profile的命令，如果RTOOLS44_HOME找不到就用默认的c:\rtools44：

R_RTOOLS44_PATH="${RTOOLS44_HOME:-c:/rtools44}/x86_64-w64-mingw32.static.posix/bin;${RTOOLS44_HOME:-c:/rtools44}/usr/bin"

但问题是RTOOL44_HOME不从系统变量里读取，又没有预设，最终你不论怎么配置.Renviron或者修改系统变量都没用。正确的做法是在.Renviron里添加Rtools目录：

RTOOLS44_HOME=D:/rtools44

其次，在R的说明文件README.R-4.4.2里找到了R环境变量设置的顺序：

R读取环境变量的顺序，是%R_USER%>%HOME%>当前用户Document>%HOMEDRIVE%:/%HOMEPATH%>%R_HOME%/etc，这也是读取其他配置文件如.Rprofile的顺序。而%R_USER%环境变量具体是那里，直接通过Sys.getenv()查看默认的路径是什么。

但是R和Rstudio对R_USER的默认设置是不一样的

所以如果想要让R和Rstudio都能正确识别Rtools，最好的方法是在R默认的%HOME%目录（根据Sys.getenv()确认）里添加一个.Renviron，因为%HOME%在R和Rstudio里默认位置是一样的，这里的.Renviron可以被两个程序同时读取。

并且参考如下设置（具体路径自行调整），将Rtools目录，R_USER改为Rstudio的工作目录，并设置RTOOLS44_HOME的路径。

#Rtools directory
RTOOLS44_HOME=D:/Bioinformatics/environment/rtools44
#R package directory
R_LIBS_USER=D:/Bioinformatics/environment/packages/R
#R working directory
R_USER=D:/Bioinformatics/project/R

最后在Rstudio工作目录里放一个一样的.Renviron，否则Rstudio和R的R_USER变量仍然不统一，有可能会导致意外结果