生信技能树学习笔记

1. 文件名称必须带有引号

• NaN 非数值

• Inf 正无穷 例如log2(0)

• -Inf 负无穷

2. 解决问题

1）检查代码和环境：代码错误？工作目录？重启session或R或电脑

2）找不同：比较数据

• 比较正确数据和报错数据：

• 异常值？重复值？非法输入？数据类型？数据结构？

3）搜索error：后面的内容

4）有效提问

• 前因后果目的，代码数据报错截图，做过的尝试

3. csv 文件打开方式：excel，记事本，sublime，R读取

4. 分隔符： 常见有 逗号 空格 制表符（\t）

5. 纯文本文件的后缀没有意义，只是约定俗成，起提示作用，不起决定性作用

6. 读取和赋值同时，如果直接读取失败，需要指定一些参数

• read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) 读取csv格式

• soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\t")读取txt格式

• soft3 <- data.table::fread("soft.txt",data.table = F)

• reas.table("ex1.txt",header = T)

• rio::export(soft3,file = "soft3.xlsx")

• soft4 <- rio::import(file = "soft3.xlsx")

7. 将数据框导出，成为表格文件。不要覆盖原文件

• csv格式：write.csv(soft,file = "soft.csv")

• txt格式：write.table(soft,file = "soft.txt")

8. R特有的数据保存格式：.Rdata

• save(test,file="example.Rdata")

• load(file=../" 文件路径")不需要赋值 .. 上一级文件目录

9. 读取文件时，如果默认参数不适合该文件，会报错

10. 矩阵，只允许存在一种数据类型，字符型级别高于与数值型

11. 要经常检查数据类型

#文件读写部分
#1.读取ex1.txt
ex1 <- read.table("ex1.txt")
ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)
#2.读取ex2.csv
ex2 <- read.csv("ex2.csv")
ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)
#check.name 不改变列名。 因为有特殊字符- 所以会被R改成.

#注意：数据框不允许重复的行名
rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1)
rod = read.csv("rod.csv")
#需要先去除重复内容再设置行名

#3.读取soft.txt
soft <- read.table("soft.txt")
soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T) #其实不对 会改变列的内容
soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\t")#制表符分割

#4.soft 的行数列数是多少？列名是什么
dim(soft)
colnames(soft)

#5.将soft导出为csv
write.csv(soft,file = "soft.csv")

#6.将soft保存为Rdata并加载。
save(soft,file = "soft.Rdata")
rm(list = ls())
load(file = "soft.Rdata")