FSL介绍
FSL（FMRIB Software Library）是一个广泛使用的医学影像处理软件包，主要用于脑部成像数据的分析，尤其是在功能性MRI（fMRI）、结构性MRI、弥散张量成像（DTI）以及其他类型的神经影像学数据分析中。FSL包含以下主要功能和模块：
- 图像预处理：包括去噪、校准、运动校正、偏置场校正等步骤。常用的工具有：
FEAT（FSL的功能性成像分析工具）：用于功能性MRI数据分析。
FLIRT（FSL线性配准工具）：用于图像之间的线性配准。
FNIRT（非线性配准工具）：用于图像的非线性配准。
FSLmaths：用于图像运算（如加减乘除、逻辑运算等）。 - 分割与配准：
FAST（FSL的自适应分割工具）：用于图像的多模态分割，尤其是对结构性MRI图像进行脑灰质、白质和脑脊液（CSF）分割。
BET（脑提取工具）：用于提取脑组织区域，去除非脑组织。 - 统计分析：FSL包括一些强大的统计工具，用于分析功能性MRI数据的时间序列，以及进行群体级别的分析。常见工具：
FEAT：可以进行事件相关设计、块设计、GLM分析等。
FLAME（FSL线性混合效应模型）：用于群体级分析。 - 弥散成像：
DTIFIT：用于弥散张量成像（DTI）数据的拟合，提取出主要的扩散方向和各向异性等信息。 - 表面分析：
SIENA：用于计算大脑皮层的体积变化，通常用于长期跟踪研究（如阿尔茨海默病患者）。
TBSS（Tract-Based Spatial Statistics）：用于弥散张量成像数据的群体级分析。
FSL的安装
这里以在Linux系统安装为例，如果是windows系统需要在WSL（Windows Subsystem for Linux）环境下实现，因为FSL本身是为Linux平台设计的，并且其依赖的很多工具和库在Windows环境中并不直接支持。
- 进入FSL安装的官网
网址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/docs/#/install/linux - 下载 ** fslinstaller.py** 文件
- 在系统中打开终端窗口，输入以下代码运行 ** fslinstaller.py** 文件（需要等待一段时间），中间停止后直接点回车继续；
// ~/Downloads/fslinstaller.py一般为fslinstaller.py的下载路径（如果电脑上的Downloads是“下载”，则直接使用中文格式，否则找不到）
python ~/Downloads/fslinstaller.py
- 安装完成后， 重新打开一个终端 输入下面的代码进行验证：
// 每行单独运行
echo $FSLDIR
flirt -version
which imcp
fsl &
fsleyes -std &
环境变量配置
如果安装完成后，在验证阶段不能正常输出上述图像或语句，应该是没有设置环境变量（这里我搞了好久呜呜呜。。。）。通过打开主文件夹下的 .bashrc 文件（有可能是隐藏的），添加一下FSL的环境变量。
//环境变量配置
FSLDIR=/usr/local/fsl #/usr/local/fsl--改为自己的fsl安装在的路径
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
完成这两步应该就可以正常使用FSL工具了，不过关于它的应用我还要在后续进行更多的学习哈哈，希望大家的安装顺利！