在做相关性分析的过程中提示,不兼容的量度
具体提示信息:
Error in cor(TP53_expr, ratio_cells, method = “pearson”) : 不兼容的量度
原因
主要是维度上有问题,在做相关性分析的时候要保持两个矩阵或者数据框的行数一致,这是前提,在比较之前检查一下,行列数目颠倒时,利用转置函数t转置一下就可以了
相关代码如下:
> mat1<-matrix(seq(1:10))
> mat2<-matrix(seq(1:20),ncol = 2)
> mat2
[,1] [,2]
[1,] 1 11
[2,] 2 12
[3,] 3 13
[4,] 4 14
[5,] 5 15
[6,] 6 16
[7,] 7 17
[8,] 8 18
[9,] 9 19
[10,] 10 20
> cor(mat1,mat2,method = "pearson")
[,1] [,2]
[1,] 1 1
> cor(t(mat1),mat2,method="pearson")
Error in cor(t(mat1), mat2, method = "pearson") : 不兼容的量度