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CLAM模型使用教程

1、安装环境

需要开VPN,因为里面涉及到连接github。看到done等字眼,才是安装成功。如果安装失败,那么把刚刚未安装成功的clam_latest虚拟环境删除,再重新运行下面的语句进行安装。多试几次。

conda env create -f env.yml

2、Segmentation and Patching

以下为bash文件内容:

python /hy-tmp/CLAM-master/create_patches_fp.py \
--source /hy-tmp/WSI/TCGA-LUSC \
--step_size 256 
;