1、安装环境
需要开VPN,因为里面涉及到连接github。看到done等字眼,才是安装成功。如果安装失败,那么把刚刚未安装成功的clam_latest虚拟环境删除,再重新运行下面的语句进行安装。多试几次。
conda env create -f env.yml
2、Segmentation and Patching
以下为bash文件内容:
python /hy-tmp/CLAM-master/create_patches_fp.py \
--source /hy-tmp/WSI/TCGA-LUSC \
--step_size 256