Bootstrap

最新版(2023.10.10)CP2K在便携式笔记本电脑上编译安装(并解决在安装过程中出现的各种问题,例如,/usr/bin/ld: -lz 找不到文件和目录的典型问题)

一、CP2K的简单介绍:官网about [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]

        官方的话来说,CP2K可以对固态、液体、分子、周期、材料、晶体和生物系统进行原子模拟。就是能进行量子化学的计算和分子模拟,而且将会越来越流行。其最主要的理论框架就是(使用混合的高斯和平面波的方法,GPW,GAPW)。支持的理论水平包括(DFTB, LDA, GGA, MP2, RPA)这些差不多就是密度泛函里面的内容。然后还支持半经验方法(AM1, PM3, PM6, RM1, MNDO)。经典力场(AMBER, CHARRM)。对于量子化学入门-强烈推荐(南开大学-孙宏伟老师的课程,非常非常的好)。CP2K还可以做模拟分子动力学、metadynamics、蒙特卡罗、Ehrenfest dynamics、振动分析、核心能级光谱、能量最小化和使用NEB或dimer method过渡态优化使用。后续还会从各个部分写一写学习经过。

一、安装系统的选择

        对于笔记本电脑学习使用CP2K,推荐ubuntu操作系统(带有图形界面的)。在这期间安装了linux各个版本的系统,尝试编译CP2K都不是很顺利。最后,选择了清华大学镜像ubuntu22.04 LTS, 这个版本长期支持,比较稳定,还有一个最新的版本,用得不是很理想。

二、编译器安装

1.看一看gcc,gfortran和g++安装了没,

gcc --version


g++ --version


gfortran --version

如何出现版本信息,说明已经安装成功,没有的话,

sudo apt install gcc
sudo apt install g++
sudo apt install gfortran
#也可以使用sudo apt install build-essential, 最后

sudo apt update

2.需要安装一个数字处理库,叫做MKL,就是安装了这个之后,CP2K就比较牛逼了。推荐一个教程,也是非常的详细的。【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)_cp2k安装_electrochemjy的博客-CSDN博客

3.CP2K下载和编译

下载地址:Releases · cp2k/cp2k (github.com)

选择

下载之后解压,并把它放在主目录下。

然后进入目录,如下我们主要使用这个脚本进行编译安装:install_cp2k_toolchain.sh

编译的选项,具体可以参考这些资源。安全防护系统 (keinsci.com)

【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)_cp2k安装_electrochemjy的博客-CSDN博客

最后出现这一步!!!就算完成一半了!!!

上面的操作就是,

cp /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/arch* ../../arch

#之后

source /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/setup

#最后

cd /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2

make -j 8 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"

在这过程中,主要遇到一个问题。“/usr/bin/ld: -lz : 找不到文件或者目录”!!

然后也是在,网上搜到答案的!!!

所以有bug还是可以找!!!

;