01、写在前面

Jupyter是一个开源的交互式笔记本工具，支持多种编程语言，包括Python、R、Julia 等。它最初是作为IPython 笔记本的一个分支而开发的，后来逐渐发展成为一个独立的项目。Jupyter的名字来源于它支持的三种编程语言：Julia、Python和R。

以下是Jupyter的一些主要特点和用途：

交互式计算：Jupyter 提供了一个交互式的环境，用户可以在笔记本中编写代码、运行代码并查看结果。这种交互式的计算方式非常适合数据分析、机器学习、科学计算等领域。

支持多种编程语言：Jupyter 支持多种编程语言，包括 Python、R、Julia、Scala 等。这使得用户可以在同一个笔记本中使用不同的语言进行计算和分析。

可视化支持：Jupyter 内置了丰富的可视化工具和库，如 matplotlib、seaborn 等，可以方便地进行数据可视化和图表绘制。

易于分享和展示：Jupyter 笔记本可以保存为包含代码、文本、图像和结果的文件，用户可以轻松地分享、展示和重现自己的分析过程。

支持插件和扩展：Jupyter 提供了丰富的插件和扩展机制，用户可以根据自己的需求扩展功能，增强用户体验。

适用于教育和研究：Jupyter 在教育和研究领域有着广泛的应用，它可以用于教学、演示、实验和研究项目等多种场景。

总的来说，Jupyter 是一个功能强大、灵活易用的交互式计算工具，它为用户提供了一个便捷的环境，用于探索数据、编写代码、进行实验和展示成果。它在数据科学、机器学习、科学计算等领域有着广泛的应用和影响。

02、内核配置与切换

jupyter的安装和访问可以参考：码Python神器：jupyter notebook

(1)Python环境的搭建：

### 本代码框命令在shell终端中完成  ###

# 创建名为STOMICS的python版本为3.8的环境

conda create -n STOMICS python==3.8

# 进入python环境conda activate STOMICS

# 安装ipykernel mamba install ipykernel 

# 添加STOMICS环境至内核中

python -m ipykernel install --user  --name STOMICS --display-name "STOMICS"

# 重新启动一下jupyter:

# 先杀掉运行中的jupyter notebook:

ps -ux | grep jupyter | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -9

# 重开一个jupyter notebook通过nohup丢到后台运行，保证其不会因为掉线而终止

nohup jupyter notebook >~/jupyter.log 2>&1 &

点击jupyter中右上角的内核选择：

即可进入页面查看并选择刚才配置好的内核环境：

(2)R环境的搭建

安装 IRkernel：

IRkernel 是 Jupyter Notebook 中的 R 内核，它允许你在 Jupyter Notebook 中运行 R 代码。你可以在 R 中运行以下命令来安装 IRkernel

install.packages('IRkernel')

IRkernel::installspec()  # 将 IRkernel 安装到 Jupyter Notebook 中

# 重新启动一下jupyter:

# 先杀掉运行中的jupyter notebook:

ps -ux | grep jupyter | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -9

# 重开一个jupyter notebook通过nohup丢到后台运行，保证其不会因为掉线而终止

nohup jupyter notebook >~/jupyter.log 2>&1 &