在QGIS中使用Python编程进行DEM的流域分析，包括填洼处理、汇流分析和子流域分析，可以按照以下进行操作：

# 导入必要的模块
import processing
from qgis.core import QgsProject

# 加载DEM图层
dem_layer = QgsProject.instance().mapLayersByName('DEM')[0]

# 填洼处理
fill_output = 'path/to/fill_output.tif'
processing.run("saga:fillsinks", {
    'DEM': dem_layer,
    'FILLED': fill_output
})

# 汇流分析
flow_acc_output = 'path/to/flow_accumulation.tif'
processing.run("saga:accumulation", {
    'ELEVATION': fill_output,
    'ACCUMULATION': flow_acc_output
})

# 子流域分析
subbasin_output = 'path/to/subbasin.shp'
processing.run("saga:catchmentarea", {
    'ELEVATION': fill_output,
    'THRESHOLD': 100,  # 指定阈值，根据需求调整
    'CATCHMENTS': subbasin_output
})
 

以上代码假设已经加载了名为"DEM"的DEM图层，并将填洼处理结果、汇流分析结果和子流域分析结果保存到指定的文件路径中（请替换为实际路径）。在运行代码前，请确保已安装所需的SAGA算法库。

以上代码示例是基于QGIS 3.x版本，如果使用的是其他版本，可能需要稍作调整。通过使用QGIS的Python接口，可以将这些流域分析操作集成到你的自定义脚本或工具中，并根据实际需求进行进一步的处理和分析。

请注意，在编程过程中要确保DEM图层已正确加载，并且文件路径等设置与你的系统环境相匹配。此外，对于后续的数据分析和处理，你可能需要进一步了解QGIS和Python的相关文档和函数用法。