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metawrap bin_refinement输入checkm数据库地址

这是运行metawrap bin_refinement -o bin_refinement -t 30 -A binning/metabat2_bins/ -B binning/maxbin2_bins/ -C binning/concoct_bins/ -c 50 -x 10 时遇到的报错(在命令行跑的时候遇到的)

参考metaGEM使用小记(解决各种问题)2024 2(三)-CSDN博客

浅找了一下服务器里没找到数据库放哪了,先开另一个窗口下载

cd database

wget https://data.ace.uq.edu.au/public/CheckM_databases/checkm_data_2015_01_16.tar.gz

tar -zxvf checkm_data_2015_01_16.tar.gz -C ./checkm

然后再把这个路径输入进去,可以往下跑了

这个checkm_data_2015_01_16.tar.gz是275MB

但是其实可以用locate genome_tree_full.refpkg来寻找CheckM data folder(我用的这个服务器metawrap的conda 环境里没有这个data folder,但其实其他环境的文件夹也有)

这个CheckM data folder形如下图,输入其文件夹地址即可。

悦读

道可道,非常道;名可名,非常名。 无名,天地之始,有名,万物之母。 故常无欲,以观其妙,常有欲,以观其徼。 此两者,同出而异名,同谓之玄,玄之又玄,众妙之门。

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