要在 IntelliJ IDEA 中配置删除文件时提示是否将文件从 SVN 中删除，你可以按照以下步骤操作：

1. 打开 IntelliJ IDEA。
2. 进入 `File` > `Settings`（或者使用 `Ctrl + Alt + S` 快捷键）。
3. 在设置对话框中，导航到 `Version Control` > `Confirmation`。
4. 在 `Confirmation` 页面中，找到 `When files are deleted` 选项。
5. 选择 `Ask` 选项，这样每次删除文件时都会弹出一个对话框询问你是否将文件从版本控制中移除。

完成以上步骤后，当你尝试删除项目中的文件时，IDEA 会弹出一个确认对话框，询问你是否希望同时从 SVN 中删除该文件。