上一期（由于某些原因，发不出来，自行脑补，哈哈哈）介绍了如何寻找适合自己的科研方向（主线），这一期顺势介绍如何在实践中验证和确定科研方向（主线）。顺便呢，把自己被国自然毒打的经验教训融合在一起分享，因为都是一个事情。
一、毒打经历概述
2021年，第一次申报国自然青年基金，初生牛犊不怕虎，还挺有自信的，然后八月份开奖的时候当头一棒。
2022年，第二次申报国自然青年基金，把第一次的改改投出去了，还是心存侥幸，然后八月份开奖的时候继续吃瘪。
2023年，第三次申报国自然青年基金，这次是全部推翻重新写，心里略有底气，但更多地是忐忑，然后八月份开奖的时候终于中了。
以上，短短162个字，就把三年的申报历程说完了。回过头看，如果单单是这么描述，会给人一种“坚持就是胜利”、“越挫越勇”、“付出就会有回报”等类鸡汤式的感受。大家看完之后，估计就是打个鸡血，睡一觉也就啥都不剩了。
所以，我尝试复盘一下整个过程到底是怎么样的，其中有哪些经验教训，以便各位大佬参考。
其实，这三次申报期间，还有很多环节没有提及，包括其他课题的申报、文章的投稿发表等，它们都是环环相扣的。因此，从整体上看，最后这个课题能拿到，从某种意义上来说，是3-5年的科研积累从量变到质变的过程，也是运用《实践论》来对自己的科研方向做的一次验证实验。
二、申请课题的意义
首先，为啥要申请课题？这不是废话嘛，拿到课题，就有经费，还会影响到很多切身利益。不否认，这个是最直接的原因。
但是吧，我觉得它还有一点作用，可以用来作为一个试金石。用来试什么？去试我们的科研思路、科研规划和科研定位。比如说，国自然青年很卷是吧，那它就是一个很好地试金石，你就可以去看看你的课题思路到底处于一个什么水平，课题设计的大方向到底对了没，具体课题实施还有什么纰漏，等等。
肯定很多人会反驳，得了吧，现在基金中奖还有很多主观因素影响。确实哈，这个现象肯定是有的。但是，换一个思路，我是为了测试我的课题去的，看评审意见也是能看出一些端倪的，比如diss我基础不扎实、缺少高质量文章等等。
估计很多人看到这种意见，都会觉得：“肯定是不给我，随便找个万金油的理由拒掉。”但是，我们自己平心而论，自己的本子立题真的达到让人眼前一亮的程度了么？自己的代表作质量和前期基础真的够强了么？如果不够，需要到什么层次才行？
如果自己都骗自己，明明主观不符合客观，仍然不承认，不去做改变，那么现实就会始终给你大比兜子。
三、科研主线的具象化
以我自己为例，入组的时候基本确定自己的主线是做TM的机制研究，但是具体怎么做，做哪些，都要经过自己的充分调研、思考凝练和抽象出来的。
我先晒出我思考的结果，然后再详细介绍怎么来的。
我其实做的就是TM-宿主互作分子机制研究，又可以分为2个阶段：
- TM对宿主的作用；
- TM通过毒力蛋白对宿主的作用。
我刚开始接触的基础研究的实验，其实很简单，说大白话就是：把TM进入细胞中，然后检测一些信号通路的变化。再精简就是，把真菌加入宿主细胞，检测宿主细胞。
显而易见，TM加进去以后就没它什么事情了，重点在于宿主发生了什么变化。或者说，宿主的信号通路那么多，你要测哪一个？选择的这个通路，又不能太老，不然会被人诟病“新瓶装旧酒”。
所以问题变成了：怎么选宿主的信号通路（或者说检测方向）？
四、第一次实践和总结
我第一篇文章的思路很简单，靠经验（说难听点叫先入为主）。之前介绍过，TM加进去可以抑制巨噬细胞的炎症，因此扯出了“TM免疫逃逸”这个噱头。但是，机制方面就先入为主地选了巨噬细胞极化和SOCS3蛋白了，别问我为什么，问就是看文献。
这种“加菌，测宿主细胞老通路”的思路，使得我的第一篇文章的投稿路程异常艰辛，被拒到怀疑人生。其实到这里，已经完成了第一次实践。使用投稿这个“试金石”去检验科研思路，也就是“加菌，测宿主细胞老通路”，事实证明行不通。那么，改进的点在哪里呢？我是这么分析的：
（1）宿主方面：先入为主了，缺乏逻辑性，因此需要使用某些策略去筛选出关键的宿主通路、蛋白等（最好还是热点）。
（2）真菌方面：太忽略它了，最好是引入TM的某些因素进来，例如毒力蛋白。
那么，下一步如何去实践呢？
五、第二次实践和总结
针对以上思路，我进行了几个尝试：
（1）策略：从宿主方面着手，基于高通量测序去筛选一些热点的关键的宿主通路、蛋白，比如说m6A和可变剪切。其中，使用m6A去申请了2021年的国自然青年基金，使用可变剪切去申请了2021年的区自然青年基金。
（2）选择理由：为啥这么选呢？首先，了解一下这两个基金的难度。2021年国自然青年基金的资助率为10.91%左右（医学病原生物学与感染口），如果按照地域统计，广西2021年国自然青年基金的资助率更低，为9%左右，大概就是十个人选一个。2021年的区青年也很卷，从结果来看，必须五个评审专家同意资助才能获得，大约也是10%左右的资助率。但是呢，国青年肯定比区青年难得多，所以我选择把更火的m6A用于国青年（蹭热点嘛），不怎么火的可变剪切用于区青年。总之吧，这两个项目应该是很好的试金石了，从中可以判断自己到底出于什么水平。
（3）结果：国青年悲剧了，区青年拿下来。
（4）分析：“加菌，测宿主细胞热点方向”的思路是能打的，但是上限也就仅限于广西水平，拿到全国去比，可能还是不够的。但是呢，也不好判断到底是不是这个原因，因为国青年的评审意见有提到其他缺点，例如没有基础研究方面的文章，写作方面也有瑕疵。那咋办呢？继续下一次实践。
六、第三次实践和总结
（1）策略：两手准备，一方面还是改一改再去申报国青年，另一方面再换个思路（引入TM的毒力蛋白）去申请博后面上项目（该课题资助率也是很低，可以认为是减配版国青年）。
（2）结果：不出所料，国青年依旧悲剧，不过可喜的是，博后面上拿到了，当时全校就2-3个吧。
（3）分析：这一次国青年的评语没有指出什么缺点，猜测可能就是本子还行，但是还不够优秀的节奏，只能说那个口实在太卷了（单纯的“加菌，测宿主细胞热点方向”的思路估计套路化和模块化严重，缺乏竞争力）。反之，博后这边能拿到课题，侧面说明了“TM毒力蛋白-宿主互作”思路可能更有杀伤力。综上，我开始往TM毒力蛋白这块发力。
（4）补充：实际上，在这个阶段，我的一篇“加菌，测宿主细胞热点方向”的文章处于投稿阶段，当时投了mbio送审了，专家说idea能达到领域前10%，但是实验验证还需要加强，拒了。后面又投了Plos Pathogens，送审也被拒，审稿意见显示这文章的idea还是不太够。虽然最后文章发表在Comunications Biology，但从中可以看出两个问题：① “加菌，测宿主细胞热点方向”的思路还是不够深入（mbio和Plos Pathogens属于微生物领域顶刊了，仅次于CNS及其大子刊，审稿专家都是领域内的大咖，因此这个试金石很有参考价值）；② 如何严谨地完成实验去验证一个科学假设，也很重要，这属于战术问题了，有机会再说。本期我们先说战略层面的问题。综上，基于课题申请和文章投稿两个方面的实验，更加坚定了我开始向TM毒力蛋白这块尝试的决心。
七、第四次实践和总结
（1）策略：还是两手准备，一方面继续使用“TM毒力蛋白-宿主互作”思路去申请博后特别项目（很难，堪比国青年）。另一方面，为了保险起见，国青年我在“TM毒力蛋白-宿主互作”思路的基础上，继续加码，变成“TM毒力蛋白自身修饰-宿主互作”的思路。
（2）结果：博后特别项目没拿到，可以理解。可喜的是，这一回国青年拿到了，三个评委都给了可资助或优先资助的评价。
（3）分析：“TM毒力蛋白-宿主互作”及其衍生思路大概率是可行的、有一定竞争力的。
八、总结
最后，简单梳理一下整个过程吧。
首先，还是得做详尽的调查研究，目的在于了解你的领域的方方面面，然后从中抽象出某些主线的东西（战略层面的东西），比如我最开始的“加菌，测宿主细胞老通路”。
其次，通过一系列实践，不断去矫正这个主线，从“加菌，测宿主细胞热点方向”到“TM毒力蛋白-宿主互作”再到“TM毒力蛋白自身修饰-宿主互作”。这可能才是经常被人提到的，所谓深入的机制研究。
最后，这肯定是需要无限迭代下去的，也就是传说中的内卷吧，比如说吧，找新的毒力蛋白？新的蛋白修饰？针对靶点设计抑制剂或者直接改造靶点？等等，需要一直卷下去哦。
九、做个补充
（1）不同领域所需要深入的程度是不一样的，比如中医药学，可能只需要到“加药，测宿主细胞热点方向”即可，不过现在开始卷到“药物与宿主蛋白直接互作”的程度了。因此，还需要具体领域具体分析。
（2）科研主线只是说你要做到什么程度，是个方向性或者说战略性的东西。具体要如何实现，还需要很多工作要做的，比如，如何证明其中的因果关系？需要体外细胞模型和动物模型共同验证？等等，首先搞定做什么的问题，然后才是怎么做的问题。
（3）再啰嗦几句，为什么“TM毒力蛋白-宿主互作”比“加菌，测宿主细胞热点方向”要深入？因为本质上前者因果关系更清晰。怎么理解呢？比如说，加入菌后，A蛋白的mRNA的m6A修饰有变化。按照后者的常规思路，是说不清楚菌是否是直接导致A的mRNA的m6A修饰的直接因素。有可能菌通过B-C-D-E-F途径，最终影响了A的mRNA的m6A修饰，无数个中间商赚差价。但是呢，如果你能证明菌的某毒力蛋白，直接去结合A的mRNA（或者m6A的调节酶），造成其m6A修饰变化，这个就是实实在在的直接因果关系。那为什么后者这种机制更好呢？因为它的机制很清楚，这样的靶点作为药物的干预靶点就很好，因此价值也更高。
（4）每一个领域都有自己客观存在的发展规律和发展脉络，如果能够梳理清楚这条发展主线，不断围绕着它发力，甚至前瞻性地去做些工作和准备，在战略层面先人一步，那么成功的概率会很大（主要矛盾决定事物的最终走向）。不可否认，某些偶然因素（所谓的运气、玄学，其实就是外部条件）肯定会影响结果，且不可预测，但是呢，紧紧抓住主要矛盾，兼顾次要矛盾，努力地营造相应地外部条件，让事物往正确方向走，成功只是时间问题了吧。所谓的，偶然中的必然。