下面是我的配置，只需要几个简单的配置就OK了

[mysqld]

// 开启慢查询
slow_query_log = on

// 设置慢查询时间 1 s
long_query_time=1

// 慢查询日志保存路径
slow_query_log_file="D:/soft/xampp/mysql/logs/slow_query.log" 

// 开启 记录没有使用索引查询语句
log-queries-not-using-indexes = on

log-bin=D:/soft/xampp/mysql/logs

至于 怎么把 log-queries-not-using-indexes 和 slow_query_log_file 内容分来存在不同的文件里面，还没有找到方案，希望大家有知道的，烦请告知我，谢谢