首先进行Blast类型的选择：

blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；

blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；

blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；

tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；

tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。

基本步骤如下：

1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种(如下)。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的Blast 中nucleotide blast作为例子。

Human 人

Mouse 小鼠

Rat 大鼠

Arabidopsis thaliana 拟南芥

Oryza sativa  水稻

Bos taurus   牛

Danio rerio  斑马鱼

Drosophila melanogaster 黑腹果蝇

Gallus gallus 乌骨鸡

Pan troglodytes 黑猩猩

Microbes  微生物

Apis mellifera   蜜蜂

更多物种blast请使用此网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/

选择相应的物种做BLAST即可！

2，粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥！！)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字，不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库，如果是人和鼠则进行相应的选择，否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的，如Job Title就是这次比对的名字，随便起一个即可；Organism为物种，可以填入你想比对的物种(分类单元如green plant等)的名字(拉丁名字，输入几个字母后会出现索引的)。第一个直接填入框中，往后需要点击一下加号后才能继续添加，选择Exclude就是与这些物种以外的物种序列进行比对。

另外对于Limit by Entrez Query这一部分也为选填内容&#