计算蛋白质描述符——PyProtein
PyProtein是用于蛋白质特征计算的工具。PyProtein从氨基酸序列中计算蛋白质和肽的结构和物理化学特征。这些序列衍生的结构和理化特征已被广泛用于开发机器学习模型，用于预测蛋白质结构和功能类别，翻译后修饰，亚细胞位置和特定性质的肽。在 PyProtein 模块中，有两种方法可以计算蛋白质描述符。一种是直接使用相应的方法，另一种是首先构建一个PyProtein类，然后运行他们的方法来获得蛋白质描述符。应该注意的是，输出是字典形式，其键和值分别表示描述符名称和描述符值。用户可以清楚地理解每个描述符的含义。
PyBioMed中的PyProtein蛋白模块负责从氨基酸序列中计算广泛使用的蛋白质和多肽的结构和理化特征。它计算由14个特征组成的5个特征组，包括氨基酸组成、二肽组成、三肽组成、标准化莫罗-布罗托自相关、莫兰自相关、吉里自相关、序列顺序耦合数、准序列顺序描述符、各种结构和物理化学性质的组成、过渡和分布，以及两种伪氨基酸组成(PseAAC)描述符。这些特征通常可以被认为是不同的Chou’s PseAAC模式。此外，它还可以轻松地根据用户定义的属性计算以前的描述符，这些属性可以从AAindex数据库中自动获得。表3总结了PyBioMed所覆盖的蛋白质和多肽的特征列表。这些特征已被用于使用机器学习方法预测蛋白质和肽相关的问题。更详细的描述和参考文献可以在PyBioMed的文档中找到
由PyBioMed计算出的蛋白质或多肽的蛋白质描述符
实际上，上述特征可以看作是不同的PseAAC模式。例如，氨基酸、二肽、三肽或k-mer肽(k=4,5，...)的组成只是Chou的PseAAC的不同模式。此外，GO（基因本体论）信息、FunD（功能域）信息和序列进化信息等高级特征也被巧妙地融合到Chou的PseAAC描述符中，以表征不同的蛋白质信息，这被广泛用于解决各种生物学问题。Chou的一篇优秀的评论指出了它们的相关性。
目录
CalculateNormalizedMoreauBrotoAutoTotal
AAComposition
该模块用于计算给定蛋白质序列的氨基酸、二肽和3-缩氨酸(三肽)的组成。对于一个给定的蛋白质序列，可以得到8420个描述符。
CalculateAAComposition
计算一个给定的蛋白质序列的氨基酸组成（描述符数：20）
from PyBioMed.PyProtein import AAComposition
AAC=AAComposition.CalculateAAComposition(protein)#{'A': 4.83, 'R': 6.798, 'N': 3.22, 'D': 6.977, 'C': 1.968, 'E': 5.903, 'Q': 3.578, 'G': 4.83, 'H': 3.936, 'I': 5.903, 'L': 9.481, 'K': 6.798, 'M': 2.683, 'F': 3.399, 'P': 5.188, 'S': 8.587, 'T': 4.472, 'W': 0.894, 'Y': 3.936, 'V': 6.619}
print(AAC)CalculateDipeptideComposition
计算一个给定的蛋白质序列中二肽的组成。 （描述符数：400）
from PyBioMed.PyProtein import AAComposition
AAC=AAComposition.CalculateDipeptideComposition(protein)#{'AA': 0.18, 'AR': 0.18, 'AN': 0.18, 'AD': 0.18, 'AC': 0.0, 'AE': 0.72, 'AQ': 0.36, 'AG': 0.18, 'AH': 0.18, 'AI': 0.18, 'AL': 0.36, 'AK': 0.72, 'AM': 0.0, 'AF': 0.0, 'AP': 0.18, 'AS': 0.0, 'AT': 0.72, 'AW': 0.0, 'AY': 0.18, 'AV': 0.36, 'RA': 0.54, 'RR': 0.9, 'RN': 0.18, 'RD': 0.18, 'RC': 0.0, 'RE': 0.36, 'RQ': 0.18, 'RG': 0.0, 'RH': 0.54, 'RI': 0.18, 'RL': 0.72, 'RK': 0.54, 'RM': 0.0, 'RF': 0.0, 'RP': 0.54, 'RS': 1.08, 'RT': 0.36, 'RW': 0.0, 'RY': 0.0, 'RV': 0.54, 'NA': 0.18, 'NR': 0.54, 'NN': 0.0, 'ND': 0.18, 'NC': 0.0, 'NE': 0.18, 'NQ': 0.0, 'NG': 0.18, 'NH': 0.18, 'NI': 0.0, 'NL': 0.36, 'NK': 0.0, 'NM': 0.18, 'NF': 0.0, 'NP': 0.72, 'NS': 0.0, 'NT': 0.0, 'NW': 0.0, 'NY': 0.36, 'NV': 0.18, 'DA': 0.36, 'DR': 0.0, 'DN': 0.18, 'DD': 0.72, 'DC': 0.0, 'DE': 0.72, 'DQ': 0.0, 'DG': 0.54, 'DH': 0.36, 'DI': 0.72, 'DL': 0.54, 'DK': 0.0, 'DM': 0.0, 'DF': 0.54, 'DP': 0.54, 'DS': 0.72, 'DT': 0.18, 'DW': 0.0, 'DY': 0.54, 'DV': 0.18, 'CA': 0.18, 'CR': 0.18, 'CN': 0.0, 'CD': 0.18, 'CC': 0.0, 'CE': 0.18, 'CQ': 0.18, 'CG': 0.36, 'CH': 0.18, 'CI': 0.0, 'CL': 0.18, 'CK': 0.18, 'CM': 0.0, 'CF': 0.0, 'CP': 0.0, 'CS': 0.18, 'CT': 0.0, 'CW': 0.0, 'CY': 0.0, 'CV': 0.0, 'EA': 0.72, 'ER': 0.18, 'EN': 0.18, 'ED': 0.18, 'EC': 0.18, 'EE': 0.18, 'EQ': 0.0, 'EG': 0.0, 'EH': 0.18, 'EI': 0.36, 'EL': 0.54, 'EK': 0.54, 'EM': 0.18, 'EF': 0.36, 'EP': 0.0, 'ES': 0.18, 'ET': 0.18, 'EW': 0.36, 'EY': 0.18, 'EV': 1.08, 'QA': 0.0, 'QR': 0.36, 'QN': 0.18, 'QD': 0.36, 'QC': 0.0, 'QE': 0.0, 'QQ': 0.18, 'QG': 0.36, 'QH': 0.0, 'QI': 0.18, 'QL': 0.36, 'QK': 0.54, 'QM': 0.0, 'QF': 0.0, 'QP': 0.0, 'QS': 0.18, 'QT': 0.0, 'QW': 0.0, 'QY': 0.18, 'QV': 0.54, 'GA': 0.0, 'GR': 0.54, 'GN': 0.0, 'GD': 0.18, 'GC': 0.0, 'GE': 0.36, 'GQ': 0.0, 'GG': 0.18, 'GH': 0.36, 'GI': 0.36, 'GL': 0.18, 'GK': 0.72, 'GM': 0.0, 'GF': 0.0, 'GP': 0.18, 'GS': 0.54, 'GT': 0.54, 'GW': 0.0, 'GY': 0.0, 'GV': 0.72, 'HA': 0.0, 'HR': 0.36, 'HN': 0.0, 'HD': 0.18, 'HC': 0.0, 'HE': 0.36, 'HQ': 0.36, 'HG': 0.0, 'HH': 0.18, 'HI': 0.18, 'HL': 0.54, 'HK': 0.18, 'HM': 0.54, 'HF': 0.0, 'HP': 0.36, 'HS': 0.0, 'HT': 0.36, 'HW': 0.0, 'HY': 0.18, 'HV': 0.18, 'IA': 0.18, 'IR': 0.72, 'IN': 0.0, 'ID': 0.54, 'IC': 0.36, 'IE': 0.18, 'IQ': 0.18, 'IG': 0.18, 'IH': 0.0, 'II': 0.36, 'IL': 0.9, 'IK': 0.72, 'IM': 0.36, 'IF': 0.36, 'IP': 0.0, 'IS': 0.54, 'IT': 0.18, 'IW': 0.18, 'IY': 0.0, 'IV': 0.0, 'LA': 0.54, 'LR': 0.36, 'LN': 0.54, 'LD': 1.43, 'LC': 0.18, 'LE': 0.0, 'LQ': 0.36, 'LG': 0.54, 'LH': 0.0, 'LI': 0.36, 'LL': 0.72, 'LK': 0.72, 'LM': 0.0, 'LF': 0.9, 'LP': 0.36, 'LS': 0.72, 'LT': 0.72, 'LW': 0.0, 'LY': 0.9, 'LV': 0.18, 'KA': 0.18, 'KR': 0.18, 'KN': 0.36, 'KD': 0.36, 'KC': 0.0, 'KE': 0.36, 'KQ': 0.54, 'KG': 0.0, 'KH': 0.72, 'KI': 1.25, 'KL': 0.36, 'KK': 0.18, 'KM': 0.36, 'KF': 0.18, 'KP': 0.18, 'KS': 0.54, 'KT': 0.0, 'KW': 0.18, 'KY': 0.18, 'KV': 0.72, 'MA': 0.36, 'MR': 0.18, 'MN': 0.36, 'MD': 0.0, 'MC': 0.18, 'ME': 0.18, 'MQ': 0.0, 'MG': 0.0, 'MH': 0.0, 'MI': 0.18, 'ML': 0.18, 'MK': 0.18, 'MM': 0.18, 'MF': 0.0, 'MP': 0.0, 'MS': 0.36, 'MT': 0.0, 'MW': 0.0, 'MY': 0.0, 'MV': 0.36, 'FA': 0.0, 'FR': 0.36, 'FN': 0.0, 'FD': 0.36, 'FC': 0.0, 'FE': 0.36, 'FQ': 0.18, 'FG': 0.36, 'FH': 0.0, 'FI': 0.0, 'FL': 0.54, 'FK': 0.36, 'FM': 0.18, 'FF': 0.18, 'FP': 0.18, 'FS': 0.0, 'FT': 0.0, 'FW': 0.0, 'FY': 0.36, 'FV': 0.0, 'PA': 0.0, 'PR': 0.36, 'PN': 0.36, 'PD': 0.18, 'PC': 0.0, 'PE': 0.9, 'PQ': 0.54, 'PG': 0.18, 'PH': 0.36, 'PI': 0.0, 'PL': 0.18, 'PK': 0.18, 'PM': 0.18, 'PF': 0.36, 'PP': 0.18, 'PS': 0.54, 'PT': 0.18, 'PW': 0.0, 'PY': 0.18, 'PV': 0.36, 'SA': 0.0, 'SR': 0.54, 'SN': 0.36, 'SD': 0.72, 'SC': 0.54, 'SE': 0.36, 'SQ': 0.18, 'SG': 1.08, 'SH': 0.18, 'SI': 0.18, 'SL': 0.9, 'SK': 0.36, 'SM': 0.0, 'SF': 0.18, 'SP': 0.54, 'SS': 1.08, 'ST': 0.54, 'SW': 0.18, 'SY': 0.18, 'SV': 0.54, 'TA': 0.36, 'TR': 0.18, 'TN': 0.0, 'TD': 0.0, 'TC': 0.0, 'TE': 0.18, 'TQ': 0.0, 'TG': 0.18, 'TH': 0.0, 'TI': 0.36, 'TL': 0.72, 'TK': 0.0, 'TM': 0.18, 'TF': 0.18, 'TP': 0.9, 'TS': 0.9, 'TT': 0.0, 'TW': 0.0, 'TY': 0.36, 'TV': 0.0, 'WA': 0.0, 'WR': 0.18, 'WN': 0.0, 'WD': 0.0, 'WC': 0.0, 'WE': 0.0, 'WQ': 0.0, 'WG': 0.0, 'WH': 0.18, 'WI': 0.0, 'WL': 0.0, 'WK': 0.18, 'WM': 0.0, 'WF': 0.18, 'WP': 0.0, 'WS': 0.18, 'WT': 0.0, 'WW': 0.0, 'WY': 0.0, 'WV': 0.0, 'YA': 0.54, 'YR': 0.18, 'YN': 0.18, 'YD': 0.0, 'YC': 0.18, 'YE': 0.18, 'YQ': 0.36, 'YG': 0.0, 'YH': 0.18, 'YI': 0.36, 'YL': 0.9, 'YK': 0.0, 'YM': 0.0, 'YF': 0.0, 'YP': 0.0, 'YS': 0.36, 'YT': 0.18, 'YW': 0.0, 'YY': 0.18, 'YV': 0.18, 'VA': 0.54, 'VR': 0.36, 'VN': 0.18, 'VD': 0.9, 'VC': 0.36, 'VE': 0.0, 'VQ': 0.0, 'VG': 0.54, 'VH': 0.18, 'VI': 0.72, 'VL': 0.36, 'VK': 0.54, 'VM': 0.18, 'VF': 0.0, 'VP': 0.36, 'VS': 0.54, 'VT': 0.36, 'VW': 0.0, 'VY': 0.0, 'VV': 0.54}
print(AAC)GetSpectrumDict
计算给定蛋白质的3-mers的谱描述符。（描述符数：8000）
from PyBioMed.PyProtein import AAComposition
AAC=AAComposition.GetSpectrumDict(protein)#{'AAA': 0, 'AAR': 0, 'AAN': 0, 'AAD': 0, 'AAC': 0, 'AAE': 0, 'AAQ': 0, 'AAG': 0, 'AAH': 0, 'AAI': 0, 'AAL': 0, 'AAK': 0, 'AAM': 0, 'AAF': 0, 'AAP': 1, 'AAS': 0, 'AAT': 0, 'AAW': 0, 'AAY': 0, 'AAV': 0, 'ARA': 0, 'ARR': 0, 'ARN': 0, 'ARD': 0, 'ARC': 0, 'ARE': 0, 'ARQ': 0, 'ARG': 0, 'ARH': 1, 'ARI': 0, 'ARL': 0, 'ARK': 0, 'ARM': 0, 'ARF': 0, 'ARP': 0, 'ARS': 0, 'ART': 0, 'ARW': 0, 'ARY': 0, 'ARV': 0, 'ANA': 0, 'ANR': 0, 'ANN': 0, 'AND': 0, 'ANC': 0, 'ANE': 0, 'ANQ': 0, 'ANG': 0, 'ANH': 0, 'ANI': 0, 'ANL': 1, 'ANK': 0, 'ANM': 0, 'ANF': 0, 'ANP': 0, 'ANS': 0, 'ANT': 0, 'ANW': 0, 'ANY': 0, 'ANV': 0, 'ADA': 0, 'ADR': 0, 'ADN': 0, 'ADD': 0, 'ADC': 0, 'ADE': 0, 'ADQ': 0, 'ADG': 0, 'ADH': 0, 'ADI': 0, 'ADL': 0, 'ADK': 0, 'ADM': 0, 'ADF': 1, 'ADP': 0, 'ADS': 0, 'ADT': 0, 'ADW': 0, 'ADY': 0, 'ADV': 0, 'ACA': 0, 'ACR': 0, 'ACN': 0, 'ACD': 0, 'ACC': 0, 'ACE': 0, 'ACQ': 0, 'ACG': 0, 'ACH': 0, 'ACI': 0, 'ACL': 0, 'ACK': 0, 'ACM': 0, 'ACF': 0, 'ACP': 0, 'ACS': 0, 'ACT': 0, 'ACW': 0, 'ACY': 0, 'ACV': 0, 'AEA': 1, 'AER': 0, 'AEN': 0, 'AED': 0, 'AEC': 0, 'AEE': 0, 'AEQ': 0, 'AEG': 0, 'AEH': 0, 'AEI': 0, 'AEL': 0, 'AEK': 1, 'AEM': 0, 'AEF': 0, 'AEP': 0, 'AES': 0, 'AET': 1, 'AEW': 0, 'AEY': 0, 'AEV': 1, 'AQA': 0, 'AQR': 0, 'AQN': 0, 'AQD': 0, 'AQC': 0, 'AQE': 0, 'AQQ': 0, 'AQG': 1, 'AQH': 0, 'AQI': 0, 'AQL': 0, 'AQK': 0, 'AQM': 0, 'AQF': 0, 'AQP': 0, 'AQS': 0, 'AQT': 0, 'AQW': 0, 'AQY': 0, 'AQV': 0, 'AGA': 0, 'AGR': 0, 'AGN': 0, 'AGD': 0, 'AGC': 0, 'AGE': 0, 'AGQ': 0, 'AGG': 0, 'AGH': 0, 'AGI': 0, 'AGL': 0, 'AGK': 0, 'AGM': 0, 'AGF': 0, 'AGP': 1, 'AGS': 0, 'AGT': 0, 'AGW': 0, 'AGY': 0, 'AGV': 0, 'AHA': 0, 'AHR': 0, 'AHN': 0, 'AHD': 0, 'AHC': 0, 'AHE': 0, 'AHQ': 0, 'AHG': 0, 'AHH': 0, 'AHI': 0, 'AHL': 0, 'AHK': 0, 'AHM': 1, 'AHF': 0, 'AHP': 0, 'AHS': 0, 'AHT': 0, 'AHW': 0, 'AHY': 0, 'AHV': 0, 'AIA': 0, 'AIR': 0, 'AIN': 0, 'AID': 0, 'AIC': 0, 'AIE': 0, 'AIQ': 0, 'AIG': 0, 'AIH': 0, 'AII': 0, 'AIL': 0, 'AIK': 1, 'AIM': 0, 'AIF': 0, 'AIP': 0, 'AIS': 0, 'AIT': 0, 'AIW': 0, 'AIY': 0, 'AIV': 0, 'ALA': 0, 'ALR': 0, 'ALN': 0, 'ALD': 0, 'ALC': 0, 'ALE': 0, 'ALQ': 0, 'ALG': 0, 'ALH': 0, 'ALI': 0, 'ALL': 1, 'ALK': 1, 'ALM': 0, 'ALF': 0, 'ALP': 0, 'ALS': 0, 'ALT': 0, 'ALW': 0, 'ALY': 0, 'ALV': 0, 'AKA': 0, 'AKR': 0, 'AKN': 0, 'AKD': 1, 'AKC': 0, 'AKE': 0, 'AKQ': 0, 'AKG': 0, 'AKH': 0, 'AKI': 1, 'AKL': 0, 'AKK': 0, 'AKM': 0, 'AKF': 0, 'AKP': 0, 'AKS': 1, 'AKT': 0, 'AKW': 1, 'AKY': 0, 'AKV': 0, 'AMA': 0, 'AMR': 0, 'AMN': 0, 'AMD': 0, 'AMC': 0, 'AME': 0, 'AMQ': 0, 'AMG': 0, 'AMH': 0, 'AMI': 0, 'AML': 0, 'AMK': 0, 'AMM': 0, 'AMF': 0, 'AMP': 0, 'AMS': 0, 'AMT': 0, 'AMW': 0, 'AMY': 0, 'AMV': 0, 'AFA': 0, 'AFR': 0, 'AFN': 0, 'AFD': 0, 'AFC': 0, 'AFE': 0, 'AFQ': 0, 'AFG': 0, 'AFH': 0, 'AFI': 0, 'AFL': 0, 'AFK': 0, 'AFM': 0, 'AFF': 0, 'AFP': 0, 'AFS': 0, 'AFT': 0, 'AFW': 0, 'AFY': 0, 'AFV': 0, 'APA': 0, 'APR': 0, 'APN': 0, 'APD': 0, 'APC': 0, 'APE': 1, 'APQ': 0, 'APG': 0, 'APH': 0, 'API': 0, 'APL': 0, 'APK': 0, 'APM': 0, 'APF': 0, 'APP': 0, 'APS': 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0, 'YCT': 0, 'YCW': 0, 'YCY': 0, 'YCV': 0, 'YEA': 0, 'YER': 0, 'YEN': 0, 'YED': 0, 'YEC': 0, 'YEE': 0, 'YEQ': 0, 'YEG': 0, 'YEH': 0, 'YEI': 0, 'YEL': 0, 'YEK': 0, 'YEM': 0, 'YEF': 0, 'YEP': 0, 'YES': 0, 'YET': 0, 'YEW': 1, 'YEY': 0, 'YEV': 0, 'YQA': 0, 'YQR': 0, 'YQN': 0, 'YQD': 0, 'YQC': 0, 'YQE': 0, 'YQQ': 0, 'YQG': 0, 'YQH': 0, 'YQI': 0, 'YQL': 0, 'YQK': 0, 'YQM': 0, 'YQF': 0, 'YQP': 0, 'YQS': 0, 'YQT': 0, 'YQW': 0, 'YQY': 0, 'YQV': 2, 'YGA': 0, 'YGR': 0, 'YGN': 0, 'YGD': 0, 'YGC': 0, 'YGE': 0, 'YGQ': 0, 'YGG': 0, 'YGH': 0, 'YGI': 0, 'YGL': 0, 'YGK': 0, 'YGM': 0, 'YGF': 0, 'YGP': 0, 'YGS': 0, 'YGT': 0, 'YGW': 0, 'YGY': 0, 'YGV': 0, 'YHA': 0, 'YHR': 0, 'YHN': 0, 'YHD': 0, 'YHC': 0, 'YHE': 0, 'YHQ': 0, 'YHG': 0, 'YHH': 0, 'YHI': 0, 'YHL': 1, 'YHK': 0, 'YHM': 0, 'YHF': 0, 'YHP': 0, 'YHS': 0, 'YHT': 0, 'YHW': 0, 'YHY': 0, 'YHV': 0, 'YIA': 0, 'YIR': 0, 'YIN': 0, 'YID': 0, 'YIC': 1, 'YIE': 0, 'YIQ': 0, 'YIG': 0, 'YIH': 0, 'YII': 0, 'YIL': 1, 'YIK': 0, 'YIM': 0, 'YIF': 0, 'YIP': 0, 'YIS': 0, 'YIT': 0, 'YIW': 0, 'YIY': 0, 'YIV': 0, 'YLA': 1, 'YLR': 1, 'YLN': 1, 'YLD': 0, 'YLC': 0, 'YLE': 0, 'YLQ': 0, 'YLG': 0, 'YLH': 0, 'YLI': 0, 'YLL': 1, 'YLK': 0, 'YLM': 0, 'YLF': 1, 'YLP': 0, 'YLS': 0, 'YLT': 0, 'YLW': 0, 'YLY': 0, 'YLV': 0, 'YKA': 0, 'YKR': 0, 'YKN': 0, 'YKD': 0, 'YKC': 0, 'YKE': 0, 'YKQ': 0, 'YKG': 0, 'YKH': 0, 'YKI': 0, 'YKL': 0, 'YKK': 0, 'YKM': 0, 'YKF': 0, 'YKP': 0, 'YKS': 0, 'YKT': 0, 'YKW': 0, 'YKY': 0, 'YKV': 0, 'YMA': 0, 'YMR': 0, 'YMN': 0, 'YMD': 0, 'YMC': 0, 'YME': 0, 'YMQ': 0, 'YMG': 0, 'YMH': 0, 'YMI': 0, 'YML': 0, 'YMK': 0, 'YMM': 0, 'YMF': 0, 'YMP': 0, 'YMS': 0, 'YMT': 0, 'YMW': 0, 'YMY': 0, 'YMV': 0, 'YFA': 0, 'YFR': 0, 'YFN': 0, 'YFD': 0, 'YFC': 0, 'YFE': 0, 'YFQ': 0, 'YFG': 0, 'YFH': 0, 'YFI': 0, 'YFL': 0, 'YFK': 0, 'YFM': 0, 'YFF': 0, 'YFP': 0, 'YFS': 0, 'YFT': 0, 'YFW': 0, 'YFY': 0, 'YFV': 0, 'YPA': 0, 'YPR': 0, 'YPN': 0, 'YPD': 0, 'YPC': 0, 'YPE': 0, 'YPQ': 0, 'YPG': 0, 'YPH': 0, 'YPI': 0, 'YPL': 0, 'YPK': 0, 'YPM': 0, 'YPF': 0, 'YPP': 0, 'YPS': 0, 'YPT': 0, 'YPW': 0, 'YPY': 0, 'YPV': 0, 'YSA': 0, 'YSR': 0, 'YSN': 0, 'YSD': 0, 'YSC': 0, 'YSE': 0, 'YSQ': 0, 'YSG': 0, 'YSH': 0, 'YSI': 0, 'YSL': 0, 'YSK': 1, 'YSM': 0, 'YSF': 0, 'YSP': 0, 'YSS': 1, 'YST': 0, 'YSW': 0, 'YSY': 0, 'YSV': 0, 'YTA': 0, 'YTR': 0, 'YTN': 0, 'YTD': 0, 'YTC': 0, 'YTE': 0, 'YTQ': 0, 'YTG': 0, 'YTH': 0, 'YTI': 0, 'YTL': 0, 'YTK': 0, 'YTM': 0, 'YTF': 0, 'YTP': 1, 'YTS': 0, 'YTT': 0, 'YTW': 0, 'YTY': 0, 'YTV': 0, 'YWA': 0, 'YWR': 0, 'YWN': 0, 'YWD': 0, 'YWC': 0, 'YWE': 0, 'YWQ': 0, 'YWG': 0, 'YWH': 0, 'YWI': 0, 'YWL': 0, 'YWK': 0, 'YWM': 0, 'YWF': 0, 'YWP': 0, 'YWS': 0, 'YWT': 0, 'YWW': 0, 'YWY': 0, 'YWV': 0, 'YYA': 0, 'YYR': 0, 'YYN': 0, 'YYD': 0, 'YYC': 0, 'YYE': 0, 'YYQ': 0, 'YYG': 0, 'YYH': 0, 'YYI': 0, 'YYL': 1, 'YYK': 0, 'YYM': 0, 'YYF': 0, 'YYP': 0, 'YYS': 0, 'YYT': 0, 'YYW': 0, 'YYY': 0, 'YYV': 0, 'YVA': 0, 'YVR': 0, 'YVN': 0, 'YVD': 0, 'YVC': 0, 'YVE': 0, 'YVQ': 0, 'YVG': 0, 'YVH': 0, 'YVI': 0, 'YVL': 0, 'YVK': 0, 'YVM': 0, 'YVF': 0, 'YVP': 0, 'YVS': 1, 'YVT': 0, 'YVW': 0, 'YVY': 0, 'YVV': 0, 'VAA': 0, 'VAR': 0, 'VAN': 0, 'VAD': 0, 'VAC': 0, 'VAE': 1, 'VAQ': 0, 'VAG': 0, 'VAH': 0, 'VAI': 0, 'VAL': 0, 'VAK': 0, 'VAM': 0, 'VAF': 0, 'VAP': 0, 'VAS': 0, 'VAT': 0, 'VAW': 0, 'VAY': 1, 'VAV': 1, 'VRA': 0, 'VRR': 1, 'VRN': 0, 'VRD': 0, 'VRC': 0, 'VRE': 0, 'VRQ': 0, 'VRG': 0, 'VRH': 0, 'VRI': 0, 'VRL': 0, 'VRK': 1, 'VRM': 0, 'VRF': 0, 'VRP': 0, 'VRS': 0, 'VRT': 0, 'VRW': 0, 'VRY': 0, 'VRV': 0, 'VNA': 0, 'VNR': 0, 'VNN': 0, 'VND': 0, 'VNC': 0, 'VNE': 0, 'VNQ': 0, 'VNG': 0, 'VNH': 0, 'VNI': 0, 'VNL': 0, 'VNK': 0, 'VNM': 0, 'VNF': 0, 'VNP': 1, 'VNS': 0, 'VNT': 0, 'VNW': 0, 'VNY': 0, 'VNV': 0, 'VDA': 0, 'VDR': 0, 'VDN': 0, 'VDD': 0, 'VDC': 0, 'VDE': 0, 'VDQ': 0, 'VDG': 0, 'VDH': 0, 'VDI': 1, 'VDL': 1, 'VDK': 0, 'VDM': 0, 'VDF': 0, 'VDP': 1, 'VDS': 1, 'VDT': 0, 'VDW': 0, 'VDY': 1, 'VDV': 0, 'VCA': 0, 'VCR': 1, 'VCN': 0, 'VCD': 0, 'VCC': 0, 'VCE': 1, 'VCQ': 0, 'VCG': 0, 'VCH': 0, 'VCI': 0, 'VCL': 0, 'VCK': 0, 'VCM': 0, 'VCF': 0, 'VCP': 0, 'VCS': 0, 'VCT': 0, 'VCW': 0, 'VCY': 0, 'VCV': 0, 'VEA': 0, 'VER': 0, 'VEN': 0, 'VED': 0, 'VEC': 0, 'VEE': 0, 'VEQ': 0, 'VEG': 0, 'VEH': 0, 'VEI': 0, 'VEL': 0, 'VEK': 0, 'VEM': 0, 'VEF': 0, 'VEP': 0, 'VES': 0, 'VET': 0, 'VEW': 0, 'VEY': 0, 'VEV': 0, 'VQA': 0, 'VQR': 0, 'VQN': 0, 'VQD': 0, 'VQC': 0, 'VQE': 0, 'VQQ': 0, 'VQG': 0, 'VQH': 0, 'VQI': 0, 'VQL': 0, 'VQK': 0, 'VQM': 0, 'VQF': 0, 'VQP': 0, 'VQS': 0, 'VQT': 0, 'VQW': 0, 'VQY': 0, 'VQV': 0, 'VGA': 0, 'VGR': 0, 'VGN': 0, 'VGD': 0, 'VGC': 0, 'VGE': 0, 'VGQ': 0, 'VGG': 0, 'VGH': 0, 'VGI': 0, 'VGL': 0, 'VGK': 2, 'VGM': 0, 'VGF': 0, 'VGP': 0, 'VGS': 0, 'VGT': 1, 'VGW': 0, 'VGY': 0, 'VGV': 0, 'VHA': 0, 'VHR': 1, 'VHN': 0, 'VHD': 0, 'VHC': 0, 'VHE': 0, 'VHQ': 0, 'VHG': 0, 'VHH': 0, 'VHI': 0, 'VHL': 0, 'VHK': 0, 'VHM': 0, 'VHF': 0, 'VHP': 0, 'VHS': 0, 'VHT': 0, 'VHW': 0, 'VHY': 0, 'VHV': 0, 'VIA': 0, 'VIR': 0, 'VIN': 0, 'VID': 0, 'VIC': 0, 'VIE': 0, 'VIQ': 0, 'VIG': 0, 'VIH': 0, 'VII': 0, 'VIL': 1, 'VIK': 0, 'VIM': 0, 'VIF': 0, 'VIP': 0, 'VIS': 3, 'VIT': 0, 'VIW': 0, 'VIY': 0, 'VIV': 0, 'VLA': 0, 'VLR': 0, 'VLN': 0, 'VLD': 0, 'VLC': 0, 'VLE': 0, 'VLQ': 0, 'VLG': 0, 'VLH': 0, 'VLI': 0, 'VLL': 1, 'VLK': 0, 'VLM': 0, 'VLF': 0, 'VLP': 0, 'VLS': 1, 'VLT': 0, 'VLW': 0, 'VLY': 0, 'VLV': 0, 'VKA': 0, 'VKR': 0, 'VKN': 0, 'VKD': 0, 'VKC': 0, 'VKE': 0, 'VKQ': 0, 'VKG': 0, 'VKH': 0, 'VKI': 2, 'VKL': 0, 'VKK': 0, 'VKM': 0, 'VKF': 0, 'VKP': 0, 'VKS': 0, 'VKT': 0, 'VKW': 0, 'VKY': 0, 'VKV': 1, 'VMA': 0, 'VMR': 0, 'VMN': 0, 'VMD': 0, 'VMC': 0, 'VME': 1, 'VMQ': 0, 'VMG': 0, 'VMH': 0, 'VMI': 0, 'VML': 0, 'VMK': 0, 'VMM': 0, 'VMF': 0, 'VMP': 0, 'VMS': 0, 'VMT': 0, 'VMW': 0, 'VMY': 0, 'VMV': 0, 'VFA': 0, 'VFR': 0, 'VFN': 0, 'VFD': 0, 'VFC': 0, 'VFE': 0, 'VFQ': 0, 'VFG': 0, 'VFH': 0, 'VFI': 0, 'VFL': 0, 'VFK': 0, 'VFM': 0, 'VFF': 0, 'VFP': 0, 'VFS': 0, 'VFT': 0, 'VFW': 0, 'VFY': 0, 'VFV': 0, 'VPA': 0, 'VPR': 0, 'VPN': 0, 'VPD': 0, 'VPC': 0, 'VPE': 0, 'VPQ': 0, 'VPG': 0, 'VPH': 0, 'VPI': 0, 'VPL': 0, 'VPK': 0, 'VPM': 0, 'VPF': 1, 'VPP': 0, 'VPS': 0, 'VPT': 1, 'VPW': 0, 'VPY': 0, 'VPV': 0, 'VSA': 0, 'VSR': 0, 'VSN': 1, 'VSD': 0, 'VSC': 0, 'VSE': 0, 'VSQ': 0, 'VSG': 1, 'VSH': 0, 'VSI': 0, 'VSL': 1, 'VSK': 0, 'VSM': 0, 'VSF': 0, 'VSP': 0, 'VSS': 0, 'VST': 0, 'VSW': 0, 'VSY': 0, 'VSV': 0, 'VTA': 0, 'VTR': 0, 'VTN': 0, 'VTD': 0, 'VTC': 0, 'VTE': 0, 'VTQ': 0, 'VTG': 0, 'VTH': 0, 'VTI': 0, 'VTL': 0, 'VTK': 0, 'VTM': 0, 'VTF': 0, 'VTP': 0, 'VTS': 2, 'VTT': 0, 'VTW': 0, 'VTY': 0, 'VTV': 0, 'VWA': 0, 'VWR': 0, 'VWN': 0, 'VWD': 0, 'VWC': 0, 'VWE': 0, 'VWQ': 0, 'VWG': 0, 'VWH': 0, 'VWI': 0, 'VWL': 0, 'VWK': 0, 'VWM': 0, 'VWF': 0, 'VWP': 0, 'VWS': 0, 'VWT': 0, 'VWW': 0, 'VWY': 0, 'VWV': 0, 'VYA': 0, 'VYR': 0, 'VYN': 0, 'VYD': 0, 'VYC': 0, 'VYE': 0, 'VYQ': 0, 'VYG': 0, 'VYH': 0, 'VYI': 0, 'VYL': 0, 'VYK': 0, 'VYM': 0, 'VYF': 0, 'VYP': 0, 'VYS': 0, 'VYT': 0, 'VYW': 0, 'VYY': 0, 'VYV': 0, 'VVA': 0, 'VVR': 0, 'VVN': 1, 'VVD': 0, 'VVC': 0, 'VVE': 0, 'VVQ': 0, 'VVG': 1, 'VVH': 1, 'VVI': 0, 'VVL': 0, 'VVK': 0, 'VVM': 0, 'VVF': 0, 'VVP': 0, 'VVS': 0, 'VVT': 0, 'VVW': 0, 'VVY': 0, 'VVV': 0}
print(AAC)补充：
Getkmers():拿到3-mers的氨基酸列表。会在GetSpectrumDict()中调用
CalculateAADipeptideComposition(ProteinSequence):调用以上三种函数
AAIndex
此模块用于从aaindex数据库中获取氨基酸或其配对的属性。(需要Python2)
from PyBioMed.PyProtein import AAIndex
#从aaindex1获取氨基酸属性值
#输入:name为氨基酸属性名称(如KRIW790103)
#输出:结果是包含20种氨基酸属性的字典形式
temp1 = AAIndex.GetAAIndex1("KRIW790103")
#从aaindex2和aaindex3获取氨基酸属性值
#输入:name为氨基酸属性名称(如TANS760101、GRAR740104)
#输出:结果是一个字典形式，包含400个氨基酸对的属性
temp2 = AAIndex.GetAAIndex23("TANS760101")
temp2 = AAIndex.GetAAIndex23("GRAR740104")Autocorrelation
该模块用于计算基于AADs不同属性的自相关描述子。您也可以输入您的AADs属性，然后它可以帮助您计算基于AADs属性的自相关描述符。
AADs属性：
_AAProperty = (
_Hydrophobicity,
_AvFlexibility,
_Polarizability,
_FreeEnergy,
_ResidueASA,
_ResidueVol,
_Steric,
_Mutability,
)
CalculateNormalizedMoreauBrotoAutoTotal
计算基于AADs的8种属性的归一化moreauborto自相关描述符（描述符数：
a:数量取决于氨基酸性质数量的选择和lag最大值的选择。默认值是使用八种类型的属性和lag=30
字典中有8个属性key，value有30个
from PyBioMed.PyProtein import Autocorrelation
temp2 = Autocorrelation.CalculateNormalizedMoreauBrotoAuto(protein,_AAProperty,_AAPropertyName)#{'_Hydrophobicity': {'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity1': -0.009, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity2': -0.009, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity3': -0.009, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity4': -0.012, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity5': -0.01, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity6': -0.008, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity7': -0.011, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity8': -0.01, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity9': -0.01, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity10': -0.01, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity11': -0.011, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity12': -0.009, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity13': -0.006, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity14': -0.009, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity15': -0.006, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity16': -0.002, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity17': 0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity18': 0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity19': 0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity20': -0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity21': -0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity22': -0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity23': -0.001, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity24': -0.002, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity25': -0.0, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity26': 0.002, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity27': 0.004, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity28': 0.005, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity29': 0.004, 'MoreauBrotoAuto_Hydrophobicity30': 0.002}, '_AvFlexibility': {'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility1': 0.055, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility2': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility3': 0.055, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility4': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility5': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility6': 0.055, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility7': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility8': 0.057, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility9': 0.058, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility10': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility11': 0.053, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility12': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility13': 0.058, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility14': 0.055, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility15': 0.057, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility16': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility17': 0.056, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility18': 0.057, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility19': 0.059, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility20': 0.057, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility21': 0.054, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility22': 0.052, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility23': 0.05, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility24': 0.049, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility25': 0.05, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility26': 0.051, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility27': 0.052, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility28': 0.054, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility29': 0.052, 'MoreauBrotoAuto_AvFlexibility30': 0.05}, '_Polarizability': {'MoreauBrotoAuto_Polarizability1': 0.086, 'MoreauBrotoAuto_Polarizability2': 0.087, 'MoreauBrotoAuto_Polarizability3': 0.087, 'MoreauBrotoAuto_Polarizability4': 0.087, 'MoreauBrotoAuto_Polarizability5': 0.087, 'MoreauBrotoAuto_Polarizability6': 0.087, 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CalculateMoranAutoTotal
一种基于AADs 8个性质的Moran自相关描述子计算方法。（描述符数：
from PyBioMed.PyProtein import Autocorrelation
temp3 = Autocorrelation.CalculateMoranAutoTotal(protein)#{'MoranAuto_Hydrophobicity1': -0.022, 'MoranAuto_Hydrophobicity2': -0.096, 'MoranAuto_Hydrophobicity3': 0.039, 'MoranAuto_Hydrophobicity4': 0.009, 'MoranAuto_Hydrophobicity5': 0.083, 'MoranAuto_Hydrophobicity6': 0.017, 'MoranAuto_Hydrophobicity7': 0.002, 'MoranAuto_Hydrophobicity8': -0.081, 'MoranAuto_Hydrophobicity9': 0.05, 'MoranAuto_Hydrophobicity10': 0.082, 'MoranAuto_Hydrophobicity11': -0.03, 'MoranAuto_Hydrophobicity12': -0.001, 'MoranAuto_Hydrophobicity13': 0.051, 'MoranAuto_Hydrophobicity14': 0.085, 'MoranAuto_Hydrophobicity15': 0.051, 'MoranAuto_Hydrophobicity16': 0.021, 'MoranAuto_Hydrophobicity17': -0.02, 'MoranAuto_Hydrophobicity18': 0.067, 'MoranAuto_Hydrophobicity19': 0.063, 'MoranAuto_Hydrophobicity20': -0.056, 'MoranAuto_Hydrophobicity21': -0.042, 'MoranAuto_Hydrophobicity22': 0.039, 'MoranAuto_Hydrophobicity23': -0.001, 'MoranAuto_Hydrophobicity24': 0.014, 'MoranAuto_Hydrophobicity25': 0.058, 'MoranAuto_Hydrophobicity26': -0.021, 'MoranAuto_Hydrophobicity27': -0.045, 'MoranAuto_Hydrophobicity28': 0.125, 'MoranAuto_Hydrophobicity29': 0.006, 'MoranAuto_Hydrophobicity30': -0.01, 'MoranAuto_AvFlexibility1': 0.015, 'MoranAuto_AvFlexibility2': -0.039, 'MoranAuto_AvFlexibility3': 0.046, 'MoranAuto_AvFlexibility4': -0.01, 'MoranAuto_AvFlexibility5': -0.02, 'MoranAuto_AvFlexibility6': -0.031, 'MoranAuto_AvFlexibility7': -0.054, 'MoranAuto_AvFlexibility8': -0.118, 'MoranAuto_AvFlexibility9': 0.011, 'MoranAuto_AvFlexibility10': 0.102, 'MoranAuto_AvFlexibility11': 0.032, 'MoranAuto_AvFlexibility12': -0.064, 'MoranAuto_AvFlexibility13': 0.032, 'MoranAuto_AvFlexibility14': 0.103, 'MoranAuto_AvFlexibility15': -0.018, 'MoranAuto_AvFlexibility16': 0.066, 'MoranAuto_AvFlexibility17': 0.018, 'MoranAuto_AvFlexibility18': 0.013, 'MoranAuto_AvFlexibility19': -0.058, 'MoranAuto_AvFlexibility20': 0.061, 'MoranAuto_AvFlexibility21': -0.066, 'MoranAuto_AvFlexibility22': -0.03, 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'MoranAuto_ResidueVol19': 0.088, 'MoranAuto_ResidueVol20': 0.076, 'MoranAuto_ResidueVol21': -0.063, 'MoranAuto_ResidueVol22': -0.033, 'MoranAuto_ResidueVol23': -0.032, 'MoranAuto_ResidueVol24': 0.048, 'MoranAuto_ResidueVol25': 0.071, 'MoranAuto_ResidueVol26': 0.021, 'MoranAuto_ResidueVol27': 0.001, 'MoranAuto_ResidueVol28': 0.121, 'MoranAuto_ResidueVol29': 0.009, 'MoranAuto_ResidueVol30': 0.02, 'MoranAuto_Steric1': 0.046, 'MoranAuto_Steric2': -0.018, 'MoranAuto_Steric3': -0.04, 'MoranAuto_Steric4': 0.012, 'MoranAuto_Steric5': 0.091, 'MoranAuto_Steric6': 0.004, 'MoranAuto_Steric7': -0.009, 'MoranAuto_Steric8': 0.012, 'MoranAuto_Steric9': 0.03, 'MoranAuto_Steric10': 0.058, 'MoranAuto_Steric11': 0.036, 'MoranAuto_Steric12': 0.035, 'MoranAuto_Steric13': -0.021, 'MoranAuto_Steric14': 0.085, 'MoranAuto_Steric15': -0.007, 'MoranAuto_Steric16': -0.011, 'MoranAuto_Steric17': -0.015, 'MoranAuto_Steric18': 0.038, 'MoranAuto_Steric19': 0.095, 'MoranAuto_Steric20': -0.011, 'MoranAuto_Steric21': -0.1, 'MoranAuto_Steric22': -0.057, 'MoranAuto_Steric23': 0.031, 'MoranAuto_Steric24': 0.059, 'MoranAuto_Steric25': 0.032, 'MoranAuto_Steric26': 0.009, 'MoranAuto_Steric27': -0.004, 'MoranAuto_Steric28': 0.096, 'MoranAuto_Steric29': 0.002, 'MoranAuto_Steric30': -0.072, 'MoranAuto_Mutability1': -0.054, 'MoranAuto_Mutability2': 0.074, 'MoranAuto_Mutability3': -0.017, 'MoranAuto_Mutability4': -0.008, 'MoranAuto_Mutability5': 0.06, 'MoranAuto_Mutability6': 0.05, 'MoranAuto_Mutability7': -0.02, 'MoranAuto_Mutability8': 0.043, 'MoranAuto_Mutability9': 0.004, 'MoranAuto_Mutability10': 0.056, 'MoranAuto_Mutability11': -0.055, 'MoranAuto_Mutability12': 0.061, 'MoranAuto_Mutability13': -0.006, 'MoranAuto_Mutability14': 0.036, 'MoranAuto_Mutability15': -0.023, 'MoranAuto_Mutability16': -0.031, 'MoranAuto_Mutability17': -0.003, 'MoranAuto_Mutability18': 0.045, 'MoranAuto_Mutability19': 0.038, 'MoranAuto_Mutability20': 0.032, 'MoranAuto_Mutability21': 0.028, 'MoranAuto_Mutability22': 0.041, 'MoranAuto_Mutability23': 0.039, 'MoranAuto_Mutability24': -0.012, 'MoranAuto_Mutability25': 0.021, 'MoranAuto_Mutability26': -0.012, 'MoranAuto_Mutability27': 0.063, 'MoranAuto_Mutability28': 0.097, 'MoranAuto_Mutability29': 0.03, 'MoranAuto_Mutability30': 0.044}
CalculateGearyAutoTotal
一种基于AADs 8个性质的Geary自相关描述子计算方法。（描述符数：
from PyBioMed.PyProtein import Autocorrelation
temp4 = Autocorrelation.CalculateGearyAutoTotal(protein)ConjointTriad
该模块仅根据蛋白质序列信息计算联合三联特征。你可以得到7*7*7=343个特性。
from PyBioMed.PyProtein import ConjointTriad
CC = ConjointTriad.CalculateConjointTriad(protein)#{'111': 4, '112': 3, '113': 2, '114': 2, '115': 4, '116': 3, '117': 0, '121': 0, '122': 5, '123': 6, '124': 0, '125': 3, '126': 2, '127': 0, '131': 4, '132': 6, '133': 3, '134': 3, '135': 0, '136': 1, '137': 0, '141': 1, '142': 2, '143': 2, '144': 0, '145': 2, '146': 0, '147': 0, '151': 2, '152': 6, '153': 2, '154': 3, '155': 2, '156': 1, '157': 0, '161': 2, '162': 6, '163': 4, '164': 0, '165': 1, '166': 0, '167': 0, '171': 0, '172': 0, '173': 0, '174': 0, '175': 1, '176': 1, '177': 0, '211': 3, '212': 2, '213': 3, '214': 2, '215': 1, '216': 3, '217': 0, '221': 4, '222': 4, '223': 4, '224': 2, '225': 7, '226': 9, '227': 1, '231': 8, '232': 4, '233': 6, '234': 5, '235': 2, '236': 2, '237': 1, '241': 1, '242': 5, '243': 3, '244': 2, '245': 3, '246': 1, '247': 0, '251': 2, '252': 5, '253': 5, '254': 4, '255': 2, '256': 3, '257': 0, '261': 4, '262': 2, '263': 5, '264': 2, '265': 1, '266': 7, '267': 1, '271': 1, '272': 0, '273': 0, '274': 0, '275': 1, '276': 1, '277': 0, '311': 6, '312': 2, '313': 6, '314': 1, '315': 1, '316': 2, '317': 0, '321': 4, '322': 8, '323': 2, '324': 6, '325': 4, '326': 6, '327': 1, '331': 2, '332': 9, '333': 5, '334': 1, '335': 1, '336': 2, '337': 1, '341': 3, '342': 1, '343': 4, '344': 0, '345': 2, '346': 1, '347': 0, '351': 0, '352': 2, '353': 3, '354': 1, '355': 3, '356': 0, '357': 0, '361': 4, '362': 1, '363': 2, '364': 1, '365': 0, '366': 1, '367': 0, '371': 2, '372': 1, '373': 0, '374': 2, '375': 0, '376': 0, '377': 0, '411': 1, '412': 3, '413': 0, '414': 0, '415': 3, '416': 2, '417': 0, '421': 2, '422': 4, '423': 4, '424': 2, '425': 2, '426': 2, '427': 0, '431': 2, '432': 5, '433': 2, '434': 1, '435': 2, '436': 0, '437': 0, '441': 1, '442': 4, '443': 0, '444': 1, '445': 0, '446': 1, '447': 0, '451': 2, '452': 1, '453': 3, '454': 4, '455': 2, '456': 1, '457': 0, '461': 2, '462': 4, '463': 0, '464': 1, '465': 0, '466': 0, '467': 0, '471': 0, '472': 0, '473': 0, '474': 0, '475': 0, '476': 0, '477': 0, '511': 3, '512': 2, '513': 1, '514': 0, '515': 5, '516': 0, '517': 0, '521': 3, '522': 4, '523': 4, '524': 2, '525': 2, '526': 3, '527': 1, '531': 3, '532': 3, '533': 4, '534': 1, '535': 1, '536': 1, '537': 1, '541': 1, '542': 3, '543': 3, '544': 3, '545': 2, '546': 3, '547': 0, '551': 2, '552': 4, '553': 1, '554': 1, '555': 1, '556': 1, '557': 0, '561': 1, '562': 4, '563': 1, '564': 1, '565': 0, '566': 0, '567': 0, '571': 0, '572': 0, '573': 0, '574': 0, '575': 0, '576': 0, '577': 0, '611': 1, '612': 4, '613': 1, '614': 2, '615': 3, '616': 3, '617': 2, '621': 1, '622': 6, '623': 7, '624': 3, '625': 3, '626': 0, '627': 0, '631': 1, '632': 4, '633': 1, '634': 0, '635': 2, '636': 2, '637': 2, '641': 2, '642': 1, '643': 0, '644': 1, '645': 2, '646': 1, '647': 0, '651': 1, '652': 1, '653': 0, '654': 1, '655': 0, '656': 1, '657': 0, '661': 2, '662': 3, '663': 0, '664': 2, '665': 1, '666': 4, '667': 0, '671': 0, '672': 0, '673': 1, '674': 0, '675': 0, '676': 0, '677': 0, '711': 0, '712': 0, '713': 2, '714': 1, '715': 0, '716': 0, '717': 0, '721': 0, '722': 0, '723': 1, '724': 0, '725': 0, '726': 0, '727': 0, '731': 0, '732': 0, '733': 0, '734': 0, '735': 0, '736': 1, '737': 0, '741': 0, '742': 0, '743': 0, '744': 0, '745': 2, '746': 0, '747': 0, '751': 1, '752': 0, '753': 0, '754': 1, '755': 0, '756': 0, '757': 0, '761': 1, '762': 0, '763': 0, '764': 0, '765': 1, '766': 0, '767': 0, '771': 0, '772': 0, '773': 0, '774': 0, '775': 0, '776': 0, '777': 0}
GetProteinSequence
通过Uniprot ID 从Uniprotuniprot获取序列（Python2）
from PyBioMed.PyProtein.GetProteinFromUniprot import GetProteinSequence
uniprotID = 'P48039'
protein_sequence = GetProteinSequence(uniprotID)
print(protein_sequence)#MEDINFASLAPRHGSRPFMGTWNEIGTSQLNGGAFSWSSLWSGIKNFGSSIKSFGNKAWNSNTGQMLRDKLKDQNFQQKVVDGLASGINGVVDIANQALQNQINQRLENSRQPPVALQQRPPPKVEEVEVEEKLPPLEVAPPLPSKGEKRPRPDLEETLVVESREPPSYEQALKEGASPYPMTKPIGSMARPVYGKESKPVTLELPPPVPTVPPMPAPTLGTAVSRPTAPTVAVATPARRPRGANWQSTLNSIVGLGVKSLKRRRCYGetSubSeq
预测蛋白质的功能位点(如甲基化)通常需要将整个蛋白质分解成围绕特定氨基酸的一组片段。给定一个特定的窗口大小p，我们可以很容易地得到长度等于(2*p+1)的所有段。注意，该方法的输出是一个列表表单。 （没看懂）
获得一个蛋白质中所有中心为ToAA的2*window+1子序列。
protein： a pure problem sequence.
ToAA：子序列中的中心(查询点)氨基酸。
result：一个包含所有满足条件的子序列的列表表单。
from PyBioMed.PyProtein import GetSubSeq
subseq = GetSubSeq.GetSubSequence(protein, ToAA="D", window=10)#['KMATAEKQKHDGRVKIGHYIL', 'RVKIGHYILGDTLGVGTFGKV', 'ILNRQKIRSLDVVGKIRREIQ', 'KLYQVISTPSDIFMVMEYVSG', 'MEYVSGGELFDYICKNGRLDE', 'FDYICKNGRLDEKESRRLFQQ', 'RLFQQILSGVDYCHRHMVVHR', 'YCHRHMVVHRDLKPENVLLDA', 'RDLKPENVLLDAHMNAKIADF', 'LDAHMNAKIADFGLSNMMSDG', 'ADFGLSNMMSDGEFLRTSCGS', 'SGRLYAGPEVDIWSSGVILYA', 'YALLCGTLPFDDDHVPTLFKK', 'ALLCGTLPFDDDHVPTLFKKI', 'LLCGTLPFDDDHVPTLFKKIC', 'HVPTLFKKICDGIFYTPQYLN', 'ISLLKHMLQVDPMKRATIKDI', 'VDPMKRATIKDIREHEWFKQD', 'DIREHEWFKQDLPKYLFPEDP', 'QDLPKYLFPEDPSYSSTMIDD', 'EDPSYSSTMIDDEALKEVCEK', 'DPSYSSTMIDDEALKEVCEKF', 'LSCLYNRNHQDPLAVAYHLII', 'PLAVAYHLIIDNRRIMNEAKD', 'DNRRIMNEAKDFYLATSPPDS', 'KDFYLATSPPDSFLDDHHLTR', 'LATSPPDSFLDDHHLTRPHPE', 'ATSPPDSFLDDHHLTRPHPER', 'AETPRARHTLDELNPQKSKHQ', 'LGIRSQSRPNDIMAEVCRAIK', 'AEVCRAIKQLDYEWKVVNPYY', 'SKMSLQLYQVDSRTYLLDFRS', 'YQVDSRTYLLDFRSIDDEITE', 'RTYLLDFRSIDDEITEAKSGT', 'TYLLDFRSIDDEITEAKSGTA', 'VSNYRSCQRSDSDAEAQGKSS', 'NYRSCQRSDSDAEAQGKSSEV', 'VSLTSSVTSLDSSPVDLTPRP', 'SVTSLDSSPVDLTPRPGSHTI']
print(subseq)ProCheck
该模块用于检查输入的蛋白质序列是否为有效的氨基酸序列。
输出:如果检查没有问题，结果将返回蛋白质的长度。如果检查有问题，结果将返回0。
from PyBioMed.PyProtein import ProCheck
print(ProCheck.ProteinCheck(protein))#559PseudoAAC
Chou Kuo-Chen教授提出了伪氨基酸(psea)组成，而不是传统的20-D氨基酸组成来代表蛋白质样品，以包含序列顺序信息。基于Chou的伪氨基酸组成概念，服务器PseAA设计灵活，用户可以根据给定的蛋白质序列选择不同的参数及其组合，生成各种伪氨基酸组成。本模块旨在计算两种类型的PseAA描述符:类型I和类型II。（没看懂）
根据给定的性质计算所有的I型伪氨基酸组成描述符。注意，PAAC的数量很大程度上取决于lambda值。如果lamda= 20，我们可以得到20+20=40个PAAC描述符。这些值的大小同时取决于lambda和权重的选择。您必须在AAP中指定一些属性。
lamda因子:反映相关性的等级，是一个非负整数，如15。
注意事项:
(1)lamda不应大于输入蛋白序列的长度;(2) lambda必须为非负整数，如0,1,2，…;
(3)当lamda =0时，PseAA服务器的输出为20 d氨基酸组成。重量系数是为用户设计的，可以将重量施加在额外的PseAA组件上，而不是传统的AA组件上。用户可以选择从0.05到0.7范围内的任何值作为权重因子。
AAP:一个包含属性的列表表单，每个属性都是一个dict表单。
输出:result是一个字典形式，包含计算出的20+ lambda PAAC描述符。
from PyBioMed.PyProtein import PseudoAAC
_Hydrophobicity = {
"A": 0.02,
"R": -0.42,
"N": -0.77,
"D": -1.04,
"C": 0.77,
"Q": -1.10,
"E": -1.14,
"G": -0.80,
"H": 0.26,
"I": 1.81,
"L": 1.14,
"K": -0.41,
"M": 1.00,
"F": 1.35,
"P": -0.09,
"S": -0.97,
"T": -0.77,
"W": 1.71,
"Y": 1.11,
"V": 1.13,
}
_hydrophilicity = {
"A": -0.5,
"R": 3.0,
"N": 0.2,
"D": 3.0,
"C": -1.0,
"Q": 0.2,
"E": 3.0,
"G": 0.0,
"H": -0.5,
"I": -1.8,
"L": -1.8,
"K": 3.0,
"M": -1.3,
"F": -2.5,
"P": 0.0,
"S": 0.3,
"T": -0.4,
"W": -3.4,
"Y": -2.3,
"V": -1.5,
}
PAAC = PseudoAAC.GetPseudoAAC(protein, lamda=5, AAP=[_Hydrophobicity, _hydrophilicity])#{'PAAC1': 3.218, 'PAAC2': 4.529, 'PAAC3': 2.145, 'PAAC4': 4.648, 'PAAC5': 1.311, 'PAAC6': 3.932, 'PAAC7': 2.384, 'PAAC8': 3.218, 'PAAC9': 2.622, 'PAAC10': 3.932, 'PAAC11': 6.316, 'PAAC12': 4.529, 'PAAC13': 1.787, 'PAAC14': 2.264, 'PAAC15': 3.456, 'PAAC16': 5.72, 'PAAC17': 2.979, 'PAAC18': 0.596, 'PAAC19': 2.622, 'PAAC20': 4.409, 'PAAC21': 6.928, 'PAAC22': 7.101, 'PAAC23': 6.445, 'PAAC24': 6.688, 'PAAC25': 6.219}
print(PAAC)PyProteinAAComposition
同AAComposition
PyProteinAAIndex
同AAIndex
QuasiSequenceOrder
该模块用于根据给定的蛋白质序列计算准序列顺序描述符。我们可以得到两类描述子:序耦合数描述子（Sequence-order-coupling number）和准序序描述子（quasi-sequence-order descriptors）。
CTD
根据AADs的不同性质计算合成描述符、跃迁描述符和分布描述符。具有相同属性的AADs被标记为相同的数字。对于一个给定的蛋白质序列，你可以得到147个描述符。
AADs的7种不同性质
_Hydrophobicity = {"1": "RKEDQN", "2": "GASTPHY", "3": "CLVIMFW"}
# '1'stand for Polar; '2'stand for Neutral, '3' stand for Hydrophobicity
_NormalizedVDWV = {"1": "GASTPD", "2": "NVEQIL", "3": "MHKFRYW"}
# '1'stand for (0-2.78); '2'stand for (2.95-4.0), '3' stand for (4.03-8.08)
_Polarity = {"1": "LIFWCMVY", "2": "CPNVEQIL", "3": "KMHFRYW"}
# '1'stand for (4.9-6.2); '2'stand for (8.0-9.2), '3' stand for (10.4-13.0)
_Charge = {"1": "KR", "2": "ANCQGHILMFPSTWYV", "3": "DE"}
# '1'stand for Positive; '2'stand for Neutral, '3' stand for Negative
_SecondaryStr = {"1": "EALMQKRH", "2": "VIYCWFT", "3": "GNPSD"}
# '1'stand for Helix; '2'stand for Strand, '3' stand for coil
_SolventAccessibility = {"1": "ALFCGIVW", "2": "RKQEND", "3": "MPSTHY"}
# '1'stand for Buried; '2'stand for Exposed, '3' stand for Intermediate
_Polarizability = {"1": "GASDT", "2": "CPNVEQIL", "3": "KMHFRYW"}
# '1'stand for (0-0.108); '2'stand for (0.128-0.186), '3' stand for (0.219-0.409)
计算氨基酸的组成、过渡、描述
from PyBioMed.PyProtein import CTD
protein_descriptor = CTD.CalculateC(protein)#基于AADs的7种不同性质计算所有CTD描述符。
print(protein_descriptor)
#{'_NormalizedVDWVC2': 0.224, '_PolarizabilityC2': 0.328, '_PolarizabilityC3': 0.179, '_ChargeC1': 0.03, '_PolarizabilityC1': 0.493, '_SecondaryStrC2': 0.239, '_SecondaryStrC3': 0.418, '_NormalizedVDWVC3': 0.179, '_SecondaryStrC1': 0.343, '_SolventAccessibilityC1': 0.448, '_SolventAccessibilityC2': 0.328, '_SolventAccessibilityC3': 0.224, '_NormalizedVDWVC1': 0.522, '_HydrophobicityC3': 0.284, '_HydrophobicityC1': 0.328, '_ChargeC3': 0.239, '_PolarityC2': 0.179, '_PolarityC1': 0.299, '_HydrophobicityC2': 0.388, '_PolarityC3': 0.03, '_ChargeC2': 0.731}组成：
result.update(CalculateCompositionPolarizability(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionSolventAccessibility(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionSecondaryStr(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionCharge(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionPolarity(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionNormalizedVDWV(ProteinSequence))
result.update(CalculateCompositionHydrophobicity(ProteinSequence))结果例如：基于XXXXXXXXXX的合成描述符（描述符数：21）
{'_HydrophobicityC1': 0.333, '_HydrophobicityC2': 0.358, '_HydrophobicityC3': 0.309}
过渡：
result.update(CalculateTransitionPolarizability(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionSolventAccessibility(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionSecondaryStr(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionCharge(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionPolarity(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionNormalizedVDWV(ProteinSequence))
result.update(CalculateTransitionHydrophobicity(ProteinSequence))结果例如：基于SolventAccessibility的过渡描述符（描述符数：21）
{'_HydrophobicityT12': 0.237, '_HydrophobicityT13': 0.228, '_HydrophobicityT23': 0.204}
分布：
result.update(CalculateDistributionSolventAccessibility(ProteinSequence))
result.update(CalculateDistributionSecondaryStr(ProteinSequence))
result.update(CalculateDistributionCharge(ProteinSequence))
result.update(CalculateDistributionPolarity(ProteinSequence))
result.update(CalculateDistributionNormalizedVDWV(ProteinSequence))
result.update(CalculateDistributionHydrophobicity(ProteinSequence))结果例如： 基于基于XXXXXXXXXX的分布描述符（描述符数：105）
{'_PolarityD1001': 0.179, '_PolarityD1025': 23.256, '_PolarityD1050': 44.365, '_PolarityD1075': 70.125, '_PolarityD1100': 99.642, '_PolarityD2001': 2.504, '_PolarityD2025': 33.631, '_PolarityD2050': 56.351, '_PolarityD2075': 74.776, '_PolarityD2100': 100.0, '_PolarityD3001': 0.358, '_PolarityD3025': 14.311, '_PolarityD3050': 47.585, '_PolarityD3075': 71.199, '_PolarityD3100': 99.284}
补充：
CalculateCTD(protein)：调用以上三类函数
PyProtein
一个用于计算不同类型的蛋白质描述符的类
from PyBioMed import Pyprotein
protein_class = Pyprotein.PyProtein(protein_sequence)
CTD = protein_class.GetCTD()#可以调用所有方法