在使用BEAGLE5.0版本填补基因型时，遇到这样一个问题：

接着在网上搜索了一下解决办法，在biostar上看到有人遇到了同样的问题，有人建议使用BEAGLE4.0版本，我尝试后仍然没有解决问题。然后多方搜索发现有这样一个帖子：

网址如下：https://ask.csdn.net/questions/4419232
这个问题应该和我的类似，我的vcf文件里面多了“-”符号，而这个帖子里多了“*”。
于是数了一下文件里有多少行“-”：

find test.vcf | xargs cat | grep .*-.*|wc –l

接着把含有“-”符号的行删掉：

sed -e "/-/d" out.vcf > test_out.vcf

现在已经解决了。