0. 环境配置

项目地址
环境安装
里面的openslide安装替换为：

conda install -c conda-forge openslide

1.数据

新建DATA_DIRECTORY，传入.svs文件

2.跑

2.1 patches

• 全自动
  process_list_autogen.csv

• 半自动
  首先build自己的参数
  python build_preset.py --preset_name CSV_FILE_NAME
  CSV_FILE_NAME 自己命名，存在/preset下

具体参数设置还没看，下一篇再仔细分析吧

python create_patches_fp.py --source DATA_DIRECTORY2 --save_dir RESULTS_DIRECTORY2 --patch_size 256 --preset my_csv --seg --patch --stitch

更改：

• source
• save
• preset

如果觉得预分割效果不好，就自己新建一个csv去单独调整每一张参数，比如新建一个process_list_edited.csv，然后每张list去调整，通过置为1表示参数合适，最后设置好所有的参数之后，再返回初始的流程，使用这个新的csv去全自动生成patches

python create_patches_fp.py --source DATA_DIRECTORY2 --save_dir RESULTS_DIRECTORY2 --patch_size 256 --seg --process_list process_list_edited.csv --patch --stitch

python create_patches_fp.py --source DATA_DIRECTORY --save_dir RESULTS_DIRECTORY --patch_size 256 --seg --process_list process_list_edited.csv --patch --stitch

2.2 fp

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python extract_features_fp.py --data_h5_dir RESULTS_DIRECTORY --data_slide_dir DATA_DIRECTORY --csv_path RESULTS_DIRECTORY/process_list_edited.csv --feat_dir FEATURES_DIRECTORY --batch_size 512 --slide_ext .svs