以下是一个C语言程序，使用O(n)的时间复杂度找出出现次数最高的数字：

#include <stdio.h>

int main() {
    int count[1001] = {0};  // 用于记录每个数字出现的次数
    int maxNum = -1;  // 出现次数最高的数字
    int maxCount = 0;  // 最高出现次数

    // 输入数字范围
    int start = 1;
    int end = 1000;
    int num;

    // 输入数字，并更新次数统计
    while (scanf("%d", &num) == 1) {
        if (num >= start && num <= end) {
            count[num]++;
            if (count[num] > maxCount) {
                maxCount = count[num];
                maxNum = num;
            }
        }
    }

    // 输出结果
    printf("出现次数最高的数字是：%d，出现次数：%d\n", maxNum, maxCount);

    return 0;
}

该程序使用一个长度为1001的数组count来记录每个数字的出现次数。遍历输入的数字，将数字作为count数组的索引，更新对应位置的次数统计。同时，如果当前数字的出现次数超过当前最高次数，就更新最高次数和最高次数对应的数字。最后输出最高次数和对应的数字。

注意，该程序使用了scanf函数来输入数字，你可以根据具体情况自行修改输入方式和范围。