写在前面

QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，14年来引用65000+次，2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件——里程碑16：生物信息学工具助力菌群测序数据分。为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2，并获得了来自全世界79家单位的112名同行参与，于2018年全面接档QIIME，文章于2019年8月刊正式发表于世界顶级杂志Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台。

宏基因组团队于2017年6月加入了项目的测试、教程编写及文章投稿全过程，主要负责中文文档的翻译和传播。

• 2017年9月完成了QIIME 2 2017.6版本9节约5万字用户文档的全面翻译和测试工作。发表后受到了大家的欢迎，在公众号、CSDN和官方论坛阅读均阅读过万次。

• 2019年1月完成了QIIME 2 2018.11版本18节约10万字用户文档的全面翻译和测试工作。

• 2019年8月文章于Nature Biotechnology正式发表，宏基因组公众号将陆续更新最新2019.7的中文用户文档和配套的视频教程，共22节，十余万字。助力同行快速上手QIIME 2的使用，轻松分析大数据。

• 2020年3-5月完成了QIIME 2 2020.2版本32节约12万字用户文档的全面翻译和测试工作。

• 2023年7月，QIIME 2已经被引用9000+次。

• 2024年3月，QIIME 2已经被引用12900+次。最近推出了最新的QIIME 2 2024.2版本，中文教程也将同步更新。

QIIME 2新增了较多功能，如vsearch、时间序列分析、宏基因组和代谢组等众多新插件的加入，预计将来还有宏转录组、宏蛋白组等功能开放，使QIIME 2发现成为多组学分析平台。

QIIME 2文章于2019年7月24日在线发表，于8月2号正式发表于《自然生物技术》，现全面更新2024.2版本官方用户文档中文版，将在宏基因组公众号首发，官方论坛、Github、CSDN和科学网同步更新。

QIIME 2的优势

1. 易安装：曾经QIIME的安装让无数生信人竞折腰，QIIME 2采用Conda软件包管理器，没有管理员权限也可以轻松安装；同时发布了Docker镜像、VirtualBox虚拟机等下载即可运行；

2. 使用方式多样：支持命令行模式(q2cli)，也支持图型用户界面q2studio；还有Python用户喜欢的Artifact API(类似IPython notebook)；不安装软件也可以在网页中查看和交互探索数据结果图表；

3. 分析可重复：全新定义了文件系统，即包括分析数据、也包括分析过程和结果，每一步的结果均可追溯分析过程，方便检查和重复；

4. 可视化增强：QIIME后发制人，引用量超越早它一年发表的mothur，就是其可视化方面的优势，现可视化结果更加多样、美观，采用全新可交互式图形系统，探索数据更方便；

5. 方便合作：项目很少一个人可以完成，多人多地结果图表方便共享，适合当下科研多人合作的需求；

6. 可扩展：QIIME 2不再是一个软件，更是一个平台，支持自定义功能并定制分析流程；高手可以自己写插件，加入QIIME2的流程中了；

7. 社区优势：目前已经有100多位作者参与本项目，有新功能想要增强QIIME 2的小伙伴，赶快行动为QIIME 2添砖加瓦吧！

8. 中文教程支持：在宏基因组公众号、QIIME 2官方论坛、CSDN和科学网会更新中文教程，而且配有视频讲解，还有QIIME 2专题微信群(添加微信meta-genomics，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级-QIIME2”方可入群)。

QIIME 2用户文档(版本:2024.2)

https://docs.qiime2.org/2024.2/

正文共：8575 字 1 图 2 视频

预计阅读时间：20 分钟，视频 21 + 27 分钟

更新时间：2024年3月29日

视频：QIIME 2用户文档01.1 简介

https://v.qq.com/x/page/r0910dnzmof.html

视频有广告，清晰度不够高吗？ 后台回复“qiime2”获得1080p视频、测试数据下载链接 。

入门指南

Getting started

https://docs.qiime2.org/2024.2/getting-started/

微生物组（目前以扩增子16S为主）分析是一个即复杂又成熟的领域。复杂是指它的分析种类、方法、步骤特别多，初学者会感到压迫感，但只要肯花几天时间还是可以轻松上手的，再经过几个月的练习和实践，很快很成为领域内的技术小达人，相对于国内5-8年的硕博生涯，如果课题涉及扩增子分析，还是值得投入时间学习，花上2周时间系统学习本教程。如果你只是课题小部分涉及扩增子分析，可学习即将推出的简明教程，6千余字半天即可完成。

本指南将帮助你学习必备的知识，来完成理解、安装和使用QIIME 2，并实现分析你自己的微生物组数据。

下面是学习的顺序：

1. 先熟悉QIIME2的核心概念；

2. 安装QIIME2；

3. 通篇跟着QIIME2教程完成微生物组分析。推荐先学习概述(grand overview)和人体微生物组(Moving Pictures)的教程，接下来再学习粪菌移植(FMT study)和沙漠土壤(Atacama Desert soils)分析教程。

4. 最后可以尝试不同的工作界面，QIIME 2运行多种用户界面，之前你使用的是q2cli的命令行模型。可以查看interfaces文档了解不同的工作界面。例如，喜欢使用图型界面的用户，可以使用QIIME2 Studio；喜欢Python3 Jupyter Notebook的用户可选Artifact API界面。

什么是QIIME 2？

What is QIIME 2?

https://docs.qiime2.org/2024.2/about/

QIIME 2是一款强大、可扩展和去中心化的微生物组分析平台，强调数据分析透明。QIIME 2可以使研究者从原始DNA序列开始分析，直接获取出版级的统计和图片结果。

主要特点：

• 整合分析流程、自动化追踪数据来源

• 语义类型系统，自动识别输入文件类型

• 插件系统可扩展微生物分析功能种类

• 支持多种用户界面，如API、命令行、图形界面

QIIME 2是对QIIME 1完全重新设计并重写的微生物组分析流程。QIIME 2保留了QIIME 1强大和广泛使用的优点，同时改进了其众多不足之处。

QIIME 2当前支持从头到尾的完整微生物组分析流程。通常QIIME 2插件功能，不断有新功能可用。可以在可用插件列表中查找当前可用的插件。在未来可用插件页列出了正在开发的插件。

核心概念

Core concepts

https://docs.qiime2.org/2024.2/concepts/

基本概念的学习信息量较大，有基础的同行可直接跳过本章，进行下面的软件安装和接下来的数据分析。学习中有疑问和不懂的词，请返回本章扫清新词和概念的障碍。

想要深入理解QIIME2的分析过程，QIIME定义的核心概念需要了解一下。

数据文件: QIIME 2对象/文件格式

Data files: QIIME 2 artifacts

详者注：QIIME2为了使分析流程标准化，分析过程可重复，制定了统一的分析过程文件格式.qza；qza文件类似于一个封闭的文件格式(本质上是个标准格式的压缩包)，里面包括原始数据、分析的过程和结果；这样保证了文件格式的标准，同时可以追溯每一步的分析，以及图表的绘制参数。这一方案为实现可重复分析提供了基础。比如文章投稿，同时提供分析过程的文件，方便同行学习、重复结果分析以及结果的再利用。

由QIIME 2产生的数据类型，叫QIIME 2对象(artifacts)，通常包括数据和元数据/样本信息(metadata)。元数据描述数据，包括类型、格式和它如何产生。典型的扩展名为.qza。

QIIME 2采用对象代替原始数据文件(如fasta文件)，因此分析者必须导入数据来创建QIIME 2对象。虽然典型的分析是从原始数据开始导入QIIME 2，但你可以在分析的任何步骤导入数据为对象。QIIME 2也有工具可以从QIIME2文件中导出数据，详见导出(importing)章节。

使用QIIME2对象代替简单的数据，可以自动追踪文件类型、格式和分析过程。使用QIIME 2文件，研究者可以专注于分析，而无需考虑过程中的各种数据类型。

QIIME2对象可以查看之前的分析过程，每步使用的输入数据。这种自动化、整合和去中心化的数据追溯，可以使研究者保存QIIME2跟踪、发送给合作者、准确知道它的分析步骤。这样使分析过程可重复，可学习，也可以产生在方法中使用的文本和图表。追溯支持和鼓励使用适合的属性产生QIIME2对象(如FastTree构建系统发生树).

注意：我们已经注意到使用artifact(对象)一词可能产生混淆，因为生物学家通常理解的意思为实验偏差的来源。我们这里artifact的意思是指被多步处理的对象，有点像考古学中的文物。在我们的文档和其它教程中，我们要清楚这里说明的QIIME2对象(artifact)的含义。

数据文件：可视化

Data files: visualizations

QIIME2生成的图表结果对象或文件类型，以.qzv为扩展名，末尾的v代表visual；它同qza文件类似，包括分析方法和结果，方便追溯图表是如何产生的；唯一与qza不同的，它是分析的终点，即结果的呈现，不会在流程中继续分析。可视化的结果包括统计结果表格、交互式图像、静态图片及其它组合的可视化呈现。这类文件可以使用QIIME2 qiime tools view命令查看。

提示：不安装QIIME2程序也可在线 https://view.qiime2.org/ 导入文件并显示结果图表，同时可查看数据分析过程；这将方便与不使用QIIME 2的合作者分享结果。

语义类型

Semantic types

QIIME2每步分析中产生的qza文件，都有相应的语义类型，以便程序识别和分析。例如，分析期望的输入是距离矩阵，QIIME2可以决定那个文件拥有距离矩阵的语言类型，以防上不合理的输入文件进行分析(如一个QIIME2对象代表的是系统发生树)。

语言义型了也帮助用户避免引入不合理的分析过程。例如，一个特征表(feature table)包括有、无的数据(1代表OTU观察到至少1次，0代表没有)。然而，当它作为输入计算有权重的UniFrac时可成功运算，但结果无意义。

了解分析各步的结果，才能对分析有更深入和全面的认识。语义类型页查看所有支持的语义类型

插件

Plugins

QIIME2中的用户的某个特定功能即为插件，你可以安装并完成分析，比如拆分样品的q2-demux插件、Alpha-或beta-多样性分析的q2-diversity插件等。

插件是软件包，每个人都可以开发。QIIME 2团队已经开完了一套完整的微生物组分析流程，也鼓励第三方工具作为插件来提供额外的分析功能。QIIME 2社区建立了标准化分析插件的开发说明，其他用户按其标准开发的特定分析，并可与团队联系发布，并整合入分析平台。这种去中心化的方法，可以使最新的技术、方法快速部署于QIIME 2平台中，方便QIIME 2用户使用。插件也允许用户为某种特定需求选择、自定义分析流程。

检查可用插件页面，查看当前可用的插件。查看未来插件页，查看正开发的功能。

方法和可视化工具

Methods and visualizers

QIIME 2插件定义的用于进行分析的方法和可视化工具类型。

方法是对QIIME2定义的输入对象进行操作的过程，包括命令和参数，并产生1个或多个标准格式的输出。这一结果可以后续分析或可视化，产生中间或末端的输出。例如rarefy方法，输入文件为q2-feature-table插件产生的特征表，输出文件为样本深度一致的特征表。它可以作为输入文件，用于alpha多样性分析中的q2-diversity方法。输入和输出均为qza文件；

可视化工具定义了标准输入，包括QIIME 2对象和参数的组合，产生统计表格或可视化图形，方便用户解读，输入为qza格式，输出为qzv，文件不仅包括结果，还包括处理的分析命令和参数，方便重复和检查分析过程是否准确。可视化的结果文件qzv是分析的终点，不可以进一步分析。

安装QIIME 2

Installing QIIME 2

https://docs.qiime2.org/2024.2/install/

有多种安装方法，有Linux服务器的伙伴推荐使用Conda安装，如果还存在兼容性问题可尝试Docker安装解决，想在windows笔记本上体验的朋友可使用Virtualbox虚拟机安装并学习。其它情况根据自己的环境选择以下方法其一即可。

视频：QIIME 2用户文档01.2 安装

最新版B站：https://www.bilibili.com/video/BV131421D7BK/

视频有广告，清晰度不够高吗？后台回复“qiime2”获得1080p视频、测试数据下载链接。

原生安装QIIME 2

Natively installing QIIME 2

https://docs.qiime2.org/2024.2/install/native/

下面的教程将介绍如何安装 QIIME 2 Core 2024.2 distribution

注意：QIIME 2当前不能在Windows环境下运行，我们建议使用QIIME 2 virtual machines虚拟机方式运行（译者注：虚拟机效率较低，一般无法运行大数据，只建议学习、开展100样品以内小数据分析体验）。

Miniconda软件包管理器安装(需要有Linux服务器，但无需管理员权限)提供的conda命令，可以快速安装QIIME 2程序和相关插件。

本人测试采用Miniconda3安装QIIME 2 2024.2于22.04 LTS(64-bit)，当然，你也可以是其它的Linux发行版如CentOS 7，或macOS 64-bit也可。

安装Miniconda

Install Miniconda

miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html

有conda的请跳过安装Miniconda段落，更多conda的使用经验请阅读

• 《Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼》

下载并安装MiniConda3

1. # 下载最新版miniconda3

2. wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3. # 运行安装程序

4. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

5. # 删除安装程序，下次你会下载新版

6. rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

按安装过程中按提示操作：

1. Please, press ENTER to continue，按回车键查看许可协议，再按空格键翻页完成全文阅读；

2. Do you accept the license terms? [yes|no]，是否同意许可协议，输入yes同意许可；

3. 提示默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录，可手动输入一个你指定的安装目录，推荐按回车确认使用此目录；

4. Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no]，提示是否默认启动conda环境，这里输入yes并回车。

注：安装成功，并提示如果想关闭自启动conda base环境，可以使用conda config --set auto_activate_base false关闭。

如果你下面运行安装没有权限，请运行 export PATH="~/miniconda3/bin:$PATH" 手动添加新安装的miniconda3至环境变量，或尝试source ~/.bashrc更新环境变量

注：安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc，我选一般选no。因为选yes可直接将conda环境加入环境变量的最高优先级，使用方便，但conda里的环境如 Python变为默认环境，破坏你之前依赖Python的软件环境。而选no不添加保证之前软件安装环境不变，但运行conda及相关程序时，需要运行一条命令临时添加~/miniconda3/bin目录至环境变量，或使用绝对路径执行相关程序 。

以后想要使用conda，需要运行如下命令将conda临时添加环境变量

export PATH="~/miniconda3/bin:$PATH"

但如果是新环境，或要经常使用QIIME 2，推荐使用默认的添加环境变量更方便。你刚才同意添加环境变量，完成后关闭当前终端，新打开一个终端继续操作才能生效。如果你系统已经有很多程序，添加conda至环境变量可能引起之前软件的依赖关系被破坏。

(可选)添加常用软件下载频道，以及国内镜像加速下载。
升级conda为最新版：新版的bug最少，碰到问题的机率也小。

1. # 添加常用下载频道

2. conda config --add channels defaults

3. conda config --add channels conda-forge

4. conda config --add channels bioconda

6. # 添加清华镜像加速下载

7. site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda

8. conda config --add channels ${site}/pkgs/free/

9. conda config --add channels ${site}/pkgs/main/

10. conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/

11. conda config --add channels ${site}/pkgs/r/

12. conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/

13. conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/

14. conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/

15. conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

17. # 升级conda及相关程序

18. conda update conda

20. # 安装下载工具

21. conda install -y wget

注：软件安装时会提示是否安装时，点y，再回车可完成安装。也可像上面代码加-y参数直接确定，无提示。
conda安装时，有时在Collecting package metadata、和Solving environment等步骤需要等待较长时间，如几分钟至几十分钟，请耐心，一般还是会比手动安装软件要节约更多时间。

关于Conda的安装和使用，教程详见下文：

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

conda环境安装QIIME 2

Install QIIME 2 within a conda environment

有macOS和Linux(64-bit)两种系统可选，这里以Linux (64-bit)为例

目前分为Amplicon和Shotgun两个版本，我们分别进行安装

1. mkdir -p 2024.2 && cd 2024.2

2. # 下载软件安装列表，官方源不容易下载

3. # wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

4. # 只有13k，但数据来源于github，有时无法下载，可以从我的github或后台回复“qiime2”获取备份链接

5. wget -c http://www.imeta.science/github/QIIME2ChineseManual/2024.2/qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

6. # 创建虚拟环境并安装qiime2，防止影响其它己安装软件

7. # 我用时13m，供参考，主要由网速决定

8. time conda env create -n qiime2-amplicon-2024.2 --file qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

9. #清理（可选）

10. rm qiime2-amplicon-2024.2-py38-linux-conda.yml

12. # 宏基因组环境

13. #官方下载链接

14. wget https://data.qiime2.org/distro/shotgun/qiime2-shotgun-2024.2-py38-linux-conda.yml

15. #备用下载链接

16. wget -c http://www.imeta.science/github/QIIME2ChineseManual/2024.2/qiime2-shotgun-2024.2-py38-linux-conda.yml

17. # 创建虚拟环境并安装qiime2，防止影响其它己安装软件

18. # 我用时13m，供参考，主要由网速决定

19. time conda env create -n qiime2-shotgun-2024.2 --file qiime2-shotgun-2024.2-py38-linux-conda.yml

20. #清理（可选）

21. rm qiime2-shotgun-2024.2-py38-linux-conda.yml

Mac软件清单下载，及备用链接，详细参阅官网

1. # 官方下载链接

2. wget https://data.qiime2.org/distro/amplicon/qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml

3. # 备用下载链接

4. wget -c http://www.imeta.science/github/QIIME2ChineseManual/2024.2/qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml

5. # 安装qiime2

6. conda env create -n qiime2-amplicon-2024.2 --file qiime2-amplicon-2024.2-py38-osx-conda.yml

从yml的软件列表文件中可以得知，QIIME 2依赖的软件多达336个。

下载安装所有依赖关系，时间主要由网速决定，我第一次安装1个多小时还中断了。再重试是可以继续末完成的任务，很快就成功了。如果添加有国内的镜像，半小时内可以搞定，详细上文conda配置文章，本次33m搞定。

本地安装QIIME 2

安装包下载链接
https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 其中db/conda/qiime2-2024.2.tar.gz，放置在C盘的temp文件夹中

1. mkdir -p 2024.2 && cd 2024.2

2. #新环境安装，将安装包存放于C盘（/mnt/c/temp/qiime2-amplicon-2024.2.tar.gz)

3. mkdir -p ~/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2

4. tar -xzf /mnt/c/temp/qiime2-amplicon-2024.2.tar.gz -C ~/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2

5. # 激活并初始化环境

6. conda activate qiime2-amplicon-2024.2

7. conda unpack

QIIME 2环境的启动

Activate the conda environment
下面我们进入虚拟环境，
如果想不起来你建议的虚拟环境名称，用如下命令查看：

conda info --envs

激活工作环境，需要几十秒，命令如下：

conda activate qiime2-amplicon-2024.2

测试安装是否成功

Test your installation

检查是否安装成功，弹出程序帮助即成功

qiime --help

QIIME 2运行成功，显示如下帮助信息：

1. Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

2. QIIME 2 command-line interface (q2cli)

3. Commands:

4. info Display information about current deployment.

5. tools Tools for working with QIIME 2 files.

6. dev Utilities for developers and advanced users.

关闭工作环境

conda deactivate

不用QIIME 2时关闭环境，不然你其它程序可能找不到或运行可能会出错

软件升级

How do I update to the newest version of QIIME 2?

QIIME 2虽然经常更新，但每个版本独立，不支持升级。如果有新版本可用，可按照说明安装至另一个新的conda环境中，互不干扰，只是环境名称不同，以版本号区分。
删除旧版本的QIIME 2

比如我还有之前安装的QIIME 2 2020.8

删除的方法是：

conda env remove -n qiime2-2020.8

可以瞬间删除你这么久安装的环境。

虚拟机安装

Installing QIIME 2 using Virtual Machines

https://docs.qiime2.org/2024.2/install/virtual/

虚拟机安装有三种可选方法，分别为VirtualBox，Amazon云服务，和Docker。目前只推荐上面提的conda方式安装，可以满足绝大多数用户需求。如虚拟机安装仍有需求较多，如留言超过10条，我们将会考虑更新虚拟机安装详细的中文教程。下面有简明教程供参考，不详之处参考原文。

使用VirtualBox方式安装(不推荐)

https://docs.qiime2.org/2024.2/install/virtual/virtualbox/

此步至少需要 ~25 GB硬盘空间

Virutalbox是一款强大的虚拟机，可以在Windows / Linux / Mac平台运行，并加载制作好的系统镜像运行。适合Windows配置较高的台式机、笔记本学习QIIME 2使用。

主要步骤（以Win操作系统为例）：

1. 首先下载虚拟机，网址是：https://www.virtualbox.org。一定要注意，虚拟机版本需要和QIIME 2镜像的版本匹配，否则无法使用。下面这个地址可以查看这二者匹配情况：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/qiime2-data/distro/core/virtualbox-images.txt

2. 下载QIIME 2镜像，目前最新版本下载地址是：https://data.qiime2.org/distro/core/2022.5 ，大小5.8GB。注意该版本需要配合虚拟机6.1.34版本才能使用，该版本虚拟机下载地址是：https://download.virtualbox.org/virtualbox/6.1.46/VirtualBox-6.1.46-158378-Win.exe

3. 解压下载的QIIME2镜像压缩包；

4. 双击压缩包中的镜像文件QIIME 2 Core - X.Y.Z (build_number).ovf，按提示导入镜像。

5. 启动虚拟机，进入基于Ubuntu系统的QIIME 2工作环境；

6. 菜单中安装Guest Additions，获取加载目录功能，并设置共享目录用于读取外部数据。

详细图文教程见官方，中文Virutal box使用教程参考 《扩增子分析QIIME. 1虚拟机安装配置及挂载外部目录》

使用Docker方式安装

Installing QIIME 2 using Docker

一般仅当conda无法安装、或安装完无法使用时，尝试本方法安装，提高运行成功率。

1. 安装Docker，详见 https://www.docker.com ，Linux可能需要在管理员权限安装和设置用户分组

以Ubuntu系统安装为例（已安装，请跳过）

sudo apt install docker.io

添加用户至docker组，请在管理员权限下运行，并修改为自己的用户名

1. USER=yourname

2. sudo usermod -aG docker ${USER}

我比较喜欢使用docker，直接下载预配置好的系统使用，对本地系统无影响

Dokcer的基本操作可参考宏基因组公众号的教程《扩增子分析流程2.使用Docker运行QIIME》，和《Docker的基本使用-Ubuntu18.04》

1. 下载QIIME 2镜像

需要下载3Gb的镜像数据，一般工作时间下载要1小时，下班时间单位不限速，7分钟搞定啦，Docker服务器的速度还是相当可以的(测试时此版本docker还末更新)。

time docker pull qiime2/amplicon:2024.2 # real    7m16.499s

1. 确定安装是否成功

运行QIIME2 docker

1. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay/io/qiime2/amplicon:2024.2 qiime

2. # 启动docker命令行，挂载当前目录至虚拟机中/data目录，运行qiime测试

4. # 方法2. 进入镜像分析数据

5. docker run --rm -v $(pwd):/data --name=qiime -it qiime2/core:2024.2

6. # 这就相当于打开了一个软件工作环境，目录/data为当前工作目录，可方便分析数据

7. # 可以按Ctrl+D退出当前虚拟机的环境，详见上面docker的使用教程

使用Windows子系统Linux方式安装(推荐)

此种方法推荐Windows 10用户使用，安装方便、效率高，详见下文。

• Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机

建议

Recommendations

通常建议使用本机conda安装，但这并不总是可用，也不是在所有情况下都简单易用的选项。通常，我们建议以下内容：

• macOS用户

  • 本地conda安装通常效果很好

  • Docker和VirtualBox是很好的备份选项

• Windows用户

  • 在较新版本的Windows上，通常可以很好地在Windows Linux子系统中执行本地conda安装。

  • 有关如何为Linux设置Windows子系统的说明，请参阅WSL指南。

  • Docker和VirtualBox是很好的备份选项

• Linux用户

  • 本地conda安装通常效果很好

  • Docker和VirtualBox是很好的备份选项

QIIME 2 2024.2版本核心插件

QIIME 2 Core 2024.5 distribution

https://docs.qiime2.org/2024.2/install/#qiime-2-core-2024-2-distribution

QIIME 2 2024.2版本默认安装包括q2cli的命令行分析工作环境和如下插件，共22个主要功能模块：

• q2-alignment # 生成和操作多序列比对

• q2-composition # 用于物种数据分析

• q2-cutadapt # 从序列数据中删除接头序列，引物和其他不需要的序列

• q2-dada2 # 序列质量控制

• q2-deblur # 序列质量控制

• q2-demux # 混池测序样本拆分和查看序列质量

• q2-diversity # 探索群落多样性

• q2-diversity-lib #多样性分析插件，2020.8月新增

• q2-emperor # beta多样性3D可视化

• q2-feature-classifier # 物种注释

• q2-feature-table # 按条件操作特征表

• q2-fragment-insertion # 系统发育树扩展，确定准确的进化地位

• q2-gneiss # 构建组合模型

• q2-longitudinal # 成对样本和时间序列分析

• q2-metadata # 处理元数据

• q2-phylogeny # 生成和操纵系统发育树

• q2-quality-control # 用于特征和序列数据质量控制

• q2-quality-filter # 基于PHRED的过滤和修剪

• q2-sample-classifier # 样本元数据的机器学习预测

• q2-taxa # 处理特征物种分类注释

• q2-types # 定义微生物组分析的类型

• q2-vsearch # 聚类和去冗余

插件的功能见上方qiime --help弹出的信息

注：QIIME 2 Core 2024.2发行版包括由QIIME 2开发团队开发，维护，测试和发布插件和接口。核心发布是运行QIIME 2教程中的命令所必需的。如果您想安装其他QIIME 2插件或接口，请参阅相关的软件包文档。除了Core之外，未来还可以提供其他类型的发行版。