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Cellpose的安装与使用

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文章链接

网页端:http://www.cellpose.org/

PC端:

安装

  1. 安装anaconda,记得选中添加到环境变量 安装推荐教程
  2. 下载https://github.com/MouseLand/cellpose中的environment.yml文件。直接下载
  3. 打开一个anaconda prompt命令终端
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  4. 进入保存environment.yml的目录, 运行 conda env create -f environment.yml
  5. 运行conda activate cellpose激活环境
  6. pip install matplotlib 安装 matplotlib
  7. pip install cellpose[gui] 安装cellpose界面
  8. 使用 python –m cellpose 运行软件

使用

软件启动执行上述步骤3, 5, 8。

  1. 拖入或打开图片
  2. 设置模型
    a) cyto or nuclei
    b) 选择通道
  3. 执行校准,估测大小
  4. 执行分割

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Cellpose不止能分割细胞图像,也可以对类似的图像进行分割,如液滴图像。
液滴分割:
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启动失败的错误处理

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根据蓝色框中的路径找到gui.py文件,打开后注释掉121行 122行。(句首加#号注释)

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