网页端:http://www.cellpose.org/
PC端:
安装:
- 安装anaconda,记得选中添加到环境变量 安装推荐教程
- 下载https://github.com/MouseLand/cellpose中的
environment.yml
文件。直接下载- 打开一个
anaconda prompt
命令终端
- 进入保存
environment.yml
的目录, 运行conda env create -f environment.yml
- 运行
conda activate cellpose
激活环境pip install matplotlib
安装 matplotlibpip install cellpose[gui]
安装cellpose界面- 使用
python –m cellpose
运行软件
使用:
软件启动执行上述步骤3, 5, 8。
- 拖入或打开图片
- 设置模型
a) cyto or nuclei
b) 选择通道- 执行校准,估测大小
- 执行分割
Cellpose不止能分割细胞图像,也可以对类似的图像进行分割,如液滴图像。
液滴分割:
启动失败的错误处理
根据蓝色框中的路径找到gui.py
文件,打开后注释掉121行 122行
。(句首加#号注释)